Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttccagtggtcacattctcacttacttccttttccgtggtcacattctcacttacttccttttcctttccattttctcagtggtaatgttaaattggtaatactcttttcctattgatgaatgttctcttcttgcttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G26260.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58015177|gb|CX701919.1|CX701919
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|58025427|gb|CX712168.1|CX712168
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|298164520|gb|HO014165.1|HO014165
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|151408761|gb|EV278569.1|EV278569
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|298179325|gb|HO027796.1|HO027796
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|298174291|gb|HO017627.1|HO017627
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|58021016|gb|CX707758.1|CX707758
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|298170313|gb|HO018937.1|HO018937
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|31561148|gb|CD486986.1|CD486986
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|58024086|gb|CX710827.1|CX710827
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|209704174|gb|BW664792.1|BW664792
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|298180377|gb|HO025578.1|HO025578
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|193639764|gb|FK590093.1|FK590093
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|192333246|gb|FK026127.1|FK026127
EST:     GCAAATAGCAGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|16348066|gb|BI973661.1|BI973661
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|208315861|gb|GE110605.1|GE110605
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|298172532|gb|HO019572.1|HO019572
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|151393429|gb|EV263304.1|EV263304
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|298183104|gb|HO028367.1|HO028367
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|163923182|gb|EH038294.1|EH038294
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|209704173|gb|BW664791.1|BW664791
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|58021929|gb|CX708670.1|CX708670
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
EST: gi|192298333|gb|FG992108.1|FG992108
EST:     GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGGTGTCAG                         TTCCTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC
genomic: GCAAATAGCGGACAAAATACCAATGGCTGTCAGgtaactttcc ... ttgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTC