Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGTACCCATGAAATACAATCCAAGGGATGAAAGTTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatcttgtcttgtaattttacgctttgaatgtttcaatatgttgaagtatacgactctttgtgtttcaatcacacactcattctgccttatttggttgttggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G18950.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G18950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv07s0005g04440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ATTGTACCCATGAAATACAATCCAAGGGATGAAAGTTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatcttgtcttgtaattttacgctttgaatgtttcaatatgttgaagtatacgactctttgtgtttcaatcacacactcattctgccttatttggttgttggcag
|| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  | || || || ||||| || || || |||||| |||| |||||||||||  |  ||  |      | |      |  | |   || | || ||| ||   | ||    |  |||    || | ||  || || ||                    
ATAGTACCAATGAAATACAATCCAAGAGATGAAAATTCGATCAAGGCAGTAATGGCGAAAGCTAACGTTGTTCTCAATCTTATTGgtattgaatttcaccacctgtctcttttatgtattaactctaaatattggaggcaatgaagtgtcttgtacttatta-actatccttgtgggcag---------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151400304|gb|EV270118.1|EV270118
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|298181570|gb|HO025745.1|HO025745
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|192301726|gb|FG997640.1|FG997640
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|298190384|gb|HO032505.1|HO032505
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|151398563|gb|EV268434.1|EV268434
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|298192730|gb|HO033164.1|HO033164
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|151403355|gb|EV273165.1|EV273165
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|209718615|gb|BW662707.1|BW662707
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATAAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|254347887|gb|GR854136.1|GR854136
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|213595497|gb|DB966551.1|DB966551
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|192312569|gb|FK005027.1|FK005027
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|213591304|gb|DB959874.1|DB959874
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|151397287|gb|EV267160.1|EV267160
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|298184881|gb|HO030094.1|HO030094
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGACTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|48575725|gb|CO036542.1|CO036542
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|14258415|gb|BG881323.1|BG881323
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|209709595|gb|BW661922.1|BW661922
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|209714364|gb|BW677064.1|BW677064
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|298174324|gb|HO017660.1|HO017660
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|192312568|gb|FK005026.1|FK005026
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
EST: gi|192300056|gb|FG991860.1|FG991860
EST:     TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTG                         GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA
genomic: TTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatct ... ttgttggcagGAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTGTACCCATGAAATACAATCCAAGGGATGAAAGTTCAGTAAAAGCTGTGATGGCTAAGGCCAATGTTGTTATCAACCTTATTGgtatacatcttgtcttgtaattttacgctttgaatgtttcaatatgttgaagtatacgactctttgtgtttcaatcacacactcattctgccttatttggttgttggcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG