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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGGCATGCCCTGCTTTCCCATTATGTCCTCTGGCAATTACTGAAGCTGAACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgcgtatatatatggcagtattgatttgatggagatcactaatcaggatacgtgaaaacttttctgtctgcaattcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G09890.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|46492779|gb|CN472335.1|CN472335
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
EST: gi|193467858|gb|FK430829.1|FK430829
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
EST: gi|9903367|gb|BE612335.1|BE612335
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
EST: gi|27809358|gb|CB063780.1|CB063780
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
EST: gi|120533624|gb|EH261757.1|EH261757
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
EST: gi|9903129|gb|BE612097.1|BE612097
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
EST: gi|207803162|gb|GD775285.1|GD775285
EST:     AGCGTGGGATACCTAACATTCTTAAGCGGATTCGTGCTGTTTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
EST: gi|15000299|gb|BI321113.1|BI321113
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
EST: gi|8283363|gb|BE020924.1|BE020924
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTGTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAG
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAG
EST: gi|207760127|gb|GD730874.1|GD730874
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAA
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAA
EST: gi|10232272|gb|BE801160.1|BE801160
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTATTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGGTG-TTGTAAAGATAGCTGGGCTGCA
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTG-TGGTTGTAAGGATAACTGG-CTGCC
EST: gi|42722808|gb|CK768707.1|CK768707
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
EST: gi|6747403|gb|AW317859.1|AW317859
EST:     AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAG                         GTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT
genomic: AACGTGGGATACCTAACATACTTAAGCGGATTCGTGATGTTTTTGATAAGgtattgctgc ... tgcaattcagGTTGGCCTGAAGTATAGTGAGTCTGTGGTTGTAAGGATAACTGGCTGCCCT