Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAGAAGGCAACATCTAGCATCTATCCTCTACAGAATGTGTTCATTCGTAAAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctttttattgcaaattttcttatacctatgtttattatgtctaatgaatgttacagtgagttcttgatttttgtagctgaatagaaagggtca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G00890.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G00890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT4G34670.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
TGAGAAGGCAACATCTAGCATCTATCCTCTACAGAATGTGTTCATTCGTAAAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctttttattgcaaattttcttatacctatgtttattatgtctaatgaatgttacagtgagttcttgatttttgtagctgaatagaaagggtca-
|||||||||||||    ||||||| ||  | |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || |||||||||  |     | |     |||||  | ||   |    |  |  ||  |    || | |  | |||  |||   | ||| |   |   |  |     | | 
TGAGAAGGCAACACAGGGCATCTACCCGTTGCAGAATGTGTTCATCCGTAAAGTGAAGATCCTAAAGGCTCCCAAGTTTGACCTTGGAAAGCTCATGGAGgtagattgaagtcac-attaatttcatcattgatgcactagtcttggtt--ccaaggatgtaatgaaatctaactctttttgttttggtttatc--tttag

upper sequence: GLYMA11G00890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv05s0020g03900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TGAGAAGGCAACATCTAGCATCTATCCTCTACAGAATGTGTTCATTCGTAAAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctttttattgcaaattttcttatacctatgtttattatgtctaatgaatgtta-cagtgagttcttgatttttgtagctgaatagaaa---gggtca-
 ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    ||||| ||  || | || | ||   | | |||  ||  | |||   |  | | || | |    || |       | |     |         | || 
CGAGAAGGCAACTTCAAGCATCTATCCTTTACAGAATGTGTACATTCGGAAAGTTAAGATCTTGAAAGCTCCTAAGTTTGATCTTGGAAAGCTGATGGAGgtat----ttttttttttaactcttttcatttgtctattttcta-atttaacatacataaacattaaaccattaaaaaaaaaaacctgtcacctttttatgccaa

upper sequence: GLYMA11G00890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: EFJ11589 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 6
TGAGAAGGCAACATCTAGCATCTATCCTCTACAGAATGTGTTCATTCGTAAAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtat------gtcctttttattgcaaattttcttatacctatgtttattatgtctaatgaatgttacagtgagttcttgatttttgtagctgaatagaaagggtca
 || || |  ||  |  | |||||||| || |||||    | |||||| || || |||||||| || || |||||||| |||||||| || ||||||||||||         | | |||   ||||    |  | | | ||   | ||| | || |                                                  
CGAAAAAGTGACTGCGGGAATCTATCCCCTGCAGAACACTTACATTCGCAAGGTGAAGATCCTGAAGGCCCCAAAGTTCGATCTTGGGAAGCTGATGGAGgtaatgaagaaccatatttccagcaagaacttgtgtgcttactgtcatt-tctccag-------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA11G00890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: EFJ09804 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 6
TGAGAAGGCAACATCTAGCATCTATCCTCTACAGAATGTGTTCATTCGTAAAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtat------gtcctttttattgcaaattttcttatacctatgtttattatgtctaatgaatgttacagtgagttcttgatttttgtagctgaatagaaagggtca
 ||||| |  ||  |  | |||||||| || |||||    | ||||||||| || ||||| || || || |||||||| |||||||| || ||||||||||||         | | |||   ||||    |  | | | ||   | ||| | || |                                                  
CGAGAAAGTGACTGCGGGAATCTATCCCCTGCAGAACACTTACATTCGTAAGGTGAAGATTCTGAAGGCCCCAAAGTTCGATCTTGGGAAGCTGATGGAGgtaatgaagaaccatctttccagcaagaacttgtgtgcttactgtcatt-tctccag-------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA11G00890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: EFJ11647 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 6
TGAGAAGGCAACATCTAGCATCTATCCTCTACAGAATGTGTTCATTCGTAAAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtat------gtcctttttattgcaaattttcttatacctatgtttattatgtctaatgaatgttacagtgagttcttgatttttgtagctgaatagaaagggtca
 ||||| |  ||  |  | |||||||| || |||||    | ||||||||| || ||||| || || || |||||||| |||||||| || ||||||||||||       | | | |||   || ||   |      | | || ||| | || ||  || |  || |                                       
CGAGAAAGTGACTGCGGGAATCTATCCCCTGCAGAACACTTACATTCGTAAGGTGAAGATTCTGAAGGCCCCAAAGTTCGATCTTGGGAAGCTGATGGAGgtaatgaagagccatctttccagcgaaacctt-----cttgtgcttactgtg-ctcttgtacatttcttcag----------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207764654|gb|GD738021.1|GD738021
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|209702289|gb|BW652369.1|BW652369
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|13790477|gb|BG653068.1|BG653068
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|9564182|gb|BE473691.1|BE473691
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|5677733|gb|AI938872.1|AI938872
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|58023319|gb|CX710060.1|CX710060
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAATGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|120496276|gb|EH224443.1|EH224443
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|193337326|gb|FK303700.1|FK303700
EST:     GTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAAGTTTAGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACT
genomic: GTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAA-GTTT-GATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACT
EST: gi|193345613|gb|FK312520.1|FK312520
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTAGGTGCCAAGGTGGA
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTT-GGTGCCAAGGTGGA
EST: gi|208277415|gb|GE079994.1|GE079994
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTG-AAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGC
EST: gi|21256109|gb|BQ452997.1|BQ452997
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|193424829|gb|FK392064.1|FK392064
EST:     TTAAGATCCTTAAAGTTCTTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: TTAAGATCCTTAAAG--C-TCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|208184280|gb|GD984532.1|GD984532
EST:     TTAAGATCCTTAAAGTTCTTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: TTAAGATCCTTAAAG--C-TCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|31458532|gb|CD400560.1|CD400560
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|208292344|gb|GE091534.1|GE091534
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCT
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCT
EST: gi|57575225|gb|CX548200.1|CX548200
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAATGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|58022410|gb|CX709151.1|CX709151
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|120496269|gb|EH224436.1|EH224436
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|6848435|gb|AW350725.1|AW350725
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|192308959|gb|FK001735.1|FK001735
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|213594668|gb|DB975458.1|DB975458
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|51335530|gb|CO979396.1|CO979396
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|58022183|gb|CX708924.1|CX708924
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|208131349|gb|GD931544.1|GD931544
EST:     AAGTTAAGATCCTT-AAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: gi|208037583|gb|GD832699.1|GD832699
EST:     AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGAGAAGGCAACATCTAGCATCTATCCTCTACAGAATGTGTTCATTCGTAAAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctttttattgcaaattttcttatacctatgtttattatgtctaatgaatgttacagtgagttcttgatttttgtagctgaatagaaagggtca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatagaaa