1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GCCATTCTCTGGATTTCATGGAGTTATATTTGGCTTCTTGGTTGGCATCAAGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatattctaaccttgttccgtaacttttaattcattacttttcagtaacaagagtttatgctgatcctcttaatattgtaaacttccacttctgttcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G35620.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCAEST: gi|193599328|gb|FK549373.1|FK549373
genomic: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatatt ... ttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
EST: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCAEST: gi|208317901|gb|GE116668.1|GE116668
genomic: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatatt ... ttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
EST: ATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCAATTGCTACGAGCTTCTGGTCAEST: gi|208045369|gb|GD841149.1|GD841149
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EST: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCAEST: gi|207845233|gb|GD814830.1|GD814830
genomic: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatatt ... ttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
EST: ATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCAATTGCTACGAGCTTCTGGTCAEST: gi|193641383|gb|FK588107.1|FK588107
genomic: ATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatatt ... ttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
EST: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
genomic: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatatt ... ttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCCATTCTCTGGATTTCATGGAGTTATATTTGGCTTCTTGGTTGGCATCAAGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatattctaaccttgttccgtaacttttaattcattacttttcagtaacaagagtttatgctgatcctcttaatattgtaaacttccacttctgttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT