1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TCTTTACCACAGAACCTTATGCTTGTGATCCTTCTAGTCTTCCAAAATATCCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAGgtatcttttctctcaagtttgcttgatgcatactagaagtgaggtgcacataggtgtgaatatttaagaaaatgatattttttaaaaacaaatggaggga...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G30030.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAG ATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTACEST: gi|19346892|gb|BM891780.1|BM891780
genomic: CAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAGgtatcttttc ... gaatggtcagATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTAC
EST: CCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAG ATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTACEST: gi|151407586|gb|EV277401.1|EV277401
genomic: CCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAGgtatcttttc ... gaatggtcagATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTAC
EST: CCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAG ATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTACEST: gi|58019731|gb|CX706473.1|CX706473
genomic: CCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAGgtatcttttc ... gaatggtcagATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTAC
EST: CCCCCACCCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAG ATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTAC
genomic: CCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAGgtatcttttc ... gaatggtcagATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCTTTACCACAGAACCTTATGCTTGTGATCCTTCTAGTCTTCCAAAATATCCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAGgtatcttttctctcaagtttgcttgatgcatactagaagtgaggtgcacataggtgtgaatatttaagaaaatgatattttttaaaaacaaatggaggga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaacaaa