Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAGCATTCCTATAAGGACCCCATCACTGAGTTTTTGGCTTGTGTTTATGTTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgctttaatatatgtcaactataggagtgatattacttttgtggtttatccagttctcctttatcttataatatatctgttcatgttagctactagcgtagccccgtaatgggttgtttatattatgcttaccctttttaaaaatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G16090.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G16090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT3G57290.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
GCAGCATTCCTATAAGGACCCCATCACTGAGTTTTTGGCTTGTGTTTATGTTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgctttaatatatgtcaactataggagtgatattacttttgtggtttatccagttctcctttatcttataatatatctgttcatgttagctactagcgtagccccgtaatgggttgtttatattatgcttaccctttttaaaaatgcag
|||  | ||||| || || || || |  |||||  |||| ||||| | ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| |||| ||       || |||    | | | |       |  ||| | |   |  || |  |     |||| |  || || ||                                                                          
GCACTACTCCTACAAAGATCCAATTATCGAGTTCCTGGCATGTGTGTTTGTCAATTATGACTTTGATGGGGCTCAAAAGAAGATGAAAGAGTGTGAAGAGgtaa-ctcatccacatgtatagatatttttgtttgtgcagaactgt-gcaatcaatactctgacattttaac--atgatgtag-------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA10G16090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv00s0252g00070.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GCAGCATTCCTATAAGGACCCCATCACTGAGTTTTTGGCTTGTGTTTATGTTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgctttaatatatgtcaactataggagtgatattacttttgtggtttatccagttctcctttatcttataatatatct-gttcatgttagctactagcgtagccccgtaatgggttgtttatattatgcttaccctttttaaaaatgcag
|||| || |||  || || || ||||| || ||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || || |  ||  |   |          ||      |  | |||  | ||||     ||  ||| |  || | ||   || | |||  || | |    |||                                               
GCAGTATGCCTTCAAAGATCCTATCACAGAATTTTTAGCATGTGTCTATGTCAATTATGACTTCGATGGAGCACAAAAGAAGATGAGAGAATGTGAAGAAgtaagtttcctgtacttaatagcggtt----------taacttcctgatagttccttcagtaaaattt--tctcactatgtttcccattgaggttcact-ccaattgagctat--------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209703908|gb|BW661598.1|BW661598
EST:     AAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: AAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|192314055|gb|FK008795.1|FK008795
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|19053227|gb|BM731894.1|BM731894
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|58015713|gb|CX702455.1|CX702455
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|207800716|gb|GD774629.1|GD774629
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|13789066|gb|BG651657.1|BG651657
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGAT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGAT
EST: gi|209697045|gb|BW667035.1|BW667035
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|193392690|gb|FK359185.1|FK359185
EST:     AACTAATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: AACT-ATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|6481581|gb|AW200852.1|AW200852
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTCT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|10254604|gb|BE822370.1|BE822370
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|8283830|gb|BE021389.1|BE021389
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|7692748|gb|AW760848.1|AW760848
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|58015407|gb|CX702149.1|CX702149
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|21479769|gb|BQ576452.1|BQ576452
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|8402657|gb|BE058291.1|BE058291
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|16105694|gb|BI893434.1|BI893434
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|7692974|gb|AW761073.1|AW761073
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTT
EST: gi|10709957|gb|BF009681.1|BF009681
EST:     TTAACTATGACTNTGATGGGGCACAAAAGATGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|21888755|gb|BQ741968.1|BQ741968
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAGCATTCCTATAAGGACCCCATCACTGAGTTTTTGGCTTGTGTTTATGTTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgctttaatatatgtcaactataggagtgatattacttttgtggtttatccagttctcctttatcttataatatatctgttcatgttagctactagcgtagccccgtaatgggttgtttatattatgcttaccctttttaaaaatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA