Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATAAAGAGCGCACCGAACTAATTGGCCGGATATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggctttcctaccttcatttatgctaatatgtgtgcatctatgccctcgtattccttcactgttaacctctgtgtgacacgttttgcttatttgataag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G40060.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G40060.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv15s0048g01890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
AATAAAGAGCGCACCGAACTAATTGGCCGGATATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggctttcctacctt------catttatgctaatatgtgtgcatctatgccctcgtattccttcactg----ttaacctctg--tgtgacacgttttgcttatttgataag--------
|| ||||| ||  | || | ||||||| |||||||||||| ||||||| |||| || ||  | || || |||||||||||||||||| | ||||  || ||      || |||  ||  | | ||   || | |  ||  |  ||| ||  ||     || |  | |   | |||   |||   | |      |           
AACAAAGAACGAGCTGAGCAAATTGGCAGGATATCTCTTTTCTGTTGGATGGGTTCATCAATTTGCGCAACCTTGGTTGAGgtttgttgttttcaaacttttctcaacaattaaacttgtgtatgctaatttttctccctgatttcttttcctagtttttgatattttattttgatgtgttccccctcccccctctttatttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254336246|gb|GR842425.1|GR842425
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGA
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTT-GGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGA
EST: gi|298179034|gb|HO024769.1|HO024769
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTT
EST: gi|58015330|gb|CX702072.1|CX702072
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|254343225|gb|GR856929.1|GR856929
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|254324273|gb|GR840590.1|GR840590
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|7691912|gb|AW760029.1|AW760029
EST:     GTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: GTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|192323627|gb|FK019038.1|FK019038
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|213589574|gb|DB973217.1|DB973217
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|254343224|gb|GR856928.1|GR856928
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|151394416|gb|EV264287.1|EV264287
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGCGCCACCTCGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|8403460|gb|BE059094.1|BE059094
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|120492016|gb|EH220183.1|EH220183
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|254324274|gb|GR840591.1|GR840591
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|7686223|gb|AW756934.1|AW756934
EST:     TATCTCTNTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGA
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGA
EST: gi|13312196|gb|BG405856.1|BG405856
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|19348498|gb|BM893030.1|BM893030
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAA
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAA
EST: gi|193352101|gb|FK316382.1|FK316382
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|58015584|gb|CX702326.1|CX702326
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|254330639|gb|GR841904.1|GR841904
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|7639927|gb|AW734239.1|AW734239
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|21888536|gb|BQ741749.1|BQ741749
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|19269910|gb|BM886166.1|BM886166
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|254336245|gb|GR842424.1|GR842424
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|22927124|gb|BU544263.1|BU544263
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|27425936|gb|CA937456.1|CA937456
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|48575471|gb|CO036420.1|CO036420
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|6724567|gb|AW308966.1|AW308966
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|19348375|gb|BM892907.1|BM892907
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|254335608|gb|GR847136.1|GR847136
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAG
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAG
EST: gi|6071462|gb|AW100849.1|AW100849
EST:     CTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCTTTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: CTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|192316781|gb|FK006484.1|FK006484
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|23057464|gb|BU578138.1|BU578138
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|7691181|gb|AW759313.1|AW759313
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|213607370|gb|DB967079.1|DB967079
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
EST: gi|22932789|gb|BU549928.1|BU549928
EST:     TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAG                         CTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT
genomic: TATCTCTTTACTGTTGGTTGGGATCCTCGGTGTGTGCCACCTTGGTTGAGgtttgtggct ... atttgataagCTTGGGGAGCTTGGAAGACTCTCTGCATCAATGAAGAAGTTAGAGAAAGAT