Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccgacaccatcattgcgtttatttgtcccatggattgtgtgtgatgaaatattgaggttgcatatgtttgtttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G33160.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G33160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g24570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccgacaccatcattgcgtttatttgtcccatggattgtgtgtgatgaaatattgag-gttgcatatgtttgtttgcag---
||||||||||| |||||||| || || || ||||||||  |||| ||||| ||| | |||||| |||||||||| |||  |||  ||||||  ||   ||  |    |   | | ||||| |    |  ||| |      |  ||| || ||  | |  ||  ||| | |   |   
ATATGTGATGCGGTTGCTGTTGCTAAAATTCTGAATGCGTCTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAATCCTGTTTGGAAAGACACAAGgtgcttttggagtctcggagcac-tatatttttaatttccattttccactgttgaattttaagtatagtttacctttttgtattgtag

upper sequence: GLYMA09G33160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G057037_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgc------cgacaccat-cattgcgtttatttgtcccatgg----attgtgtgtgatgaaatattgaggttgcatatgttt----gtttgcag
|||||||||||  |||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | |||||| |||| ||||| |||   ||||||||||   |         || || ||  ||| | | |  |  |     ||    | | | | |  | | |||||    | |   || |||    |  |||||
ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAACCCTGTTTGGAAGGATTCAAGgtgcctctgtagtttgaaactatatattccatgttctcctgttgaggcagaaatatttttttttatatattatactggttcattttttcctggctgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151397506|gb|EV267379.1|EV267379
EST:     ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG                         CTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
genomic: ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccg ... ttgtttgcagCTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
EST: gi|9899441|gb|BE608409.1|BE608409
EST:     ACTCTGGTGATTCCATACCTTGA-TTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG                         CTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
genomic: ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccg ... ttgtttgcagCTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
EST: gi|207697919|gb|GD680088.1|GD680088
EST:     ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG                         CTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
genomic: ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccg ... ttgtttgcagCTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
EST: gi|207747069|gb|GD720726.1|GD720726
EST:     ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG                         CTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
genomic: ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccg ... ttgtttgcagCTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
EST: gi|208169752|gb|GD967825.1|GD967825
EST:     ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG                         CTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
genomic: ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccg ... ttgtttgcagCTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
EST: gi|18734891|gb|BM528445.1|BM528445
EST:     ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG                         CTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
genomic: ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccg ... ttgtttgcagCTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
EST: gi|19053956|gb|BM732623.1|BM732623
EST:     ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG                         CTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
genomic: ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccg ... ttgtttgcagCTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
EST: gi|192308463|gb|FK000931.1|FK000931
EST:     ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG                         CTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
genomic: ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccg ... ttgtttgcagCTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
EST: gi|15813600|gb|BI785875.1|BI785875
EST:     ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG                         CTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
genomic: ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccg ... ttgtttgcagCTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
EST: gi|308098228|gb|HO759969.1|HO759969
EST:     ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG                         CTCCTTCATGGATATATTTGATGCGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
genomic: ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccg ... ttgtttgcagCTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
EST: gi|120534087|gb|EH262220.1|EH262220
EST:     ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG                         CTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA
genomic: ACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAGgtaattgccg ... ttgtttgcagCTCCTTCATGGATATATTTGATGTGGATCATTTCATTGATGTATTGAAGGA