Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaagttcaacgacattgattgtcatatggttcattacctgcaccacgggttcttaatatttgcaaatccacttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G06860.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G06860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00030.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtg----aaagttcaacgacattga----ttgtcatatggttcattacctgcaccacgggttcttaatatttgcaaatcc-----acttcag
|| || ||||| || ||||||||||||||| |||| ||  |||| ||| |||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||     |   ||        || |     | | | | |  | |     |  |  |    ||  |||| | |  | ||       | || ||
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACGAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatctcactctttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatagtattcatttgtaatgtatttatatttcaaatattttag

upper sequence: GLYMA09G06860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00060.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaagttcaacgacattgattgtcatatggttcattacctgcaccacgggttcttaatatttg---caaatccacttcag---------------
|| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||  |||| | | |||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||     |   ||    ||| || || ||   | |  ||      | |    |   || ||||     | |||  | ||                  
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACAAGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagta----tctcacccttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatagtattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag

upper sequence: GLYMA09G06860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv11s0052g00290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaagttcaacgacattgattgtcat-atggttcat---tacctgcaccacgggttcttaatatttgcaaatccacttcag
|| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| |||      |  | |  || ||   | | | || ||||   | |     | |   ||| || ||||    ||      |||||
ATATTTAATGGTGTCTTTCTGAAAGTAAACAAGGCAACAATGAATATGCTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACATACGGgtatgtgttctgactgccaacttcataaccttcagggatcatatctccacatgcaatctgttattcatatactgaagattgtttcag

upper sequence: GLYMA09G06860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtg----aaagttcaacgacattgattgtcatatg----gttcattacctgc--accacgggttcttaatatttgcaaatc-----cacttcag
|| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||| ||||  ||||||| ||| || |||||||||||     |   ||         | |   || |||     ||||   || ||   |  |    ||  |||| | |  | ||       | || ||
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGATGAGCCTTGTGTGACTTATGGgtaagtatcttactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagttctgaacttgtgtattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag

upper sequence: GLYMA09G06860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaagttcaacgacattgattgtcatatggttcattacctgcaccacgggttcttaatatttg---caaatccacttcag---------------
|| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||     |   ||    ||| || || ||   | |  ||      | |    |   || ||||     | |||  | ||                  
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagta----tctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193462755|gb|FK427310.1|FK427310
EST:     AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAAATTGATCTACAAGAGGGGCGTAT
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAA-TTGATCTACAAGAGGGGC-TAT
EST: gi|192302637|gb|FG994889.1|FG994889
EST:     AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATTTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|193691684|gb|FK628905.1|FK628905
EST:     AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|7285803|gb|AW598290.1|AW598290
EST:     AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|19345954|gb|BM890834.1|BM890834
EST:     AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|298188869|gb|HO035562.1|HO035562
EST:     AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|298175439|gb|HO015072.1|HO015072
EST:     AAAGCTACCGTGAATATGCTGCGTAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|192302636|gb|FG994888.1|FG994888
EST:     AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|209706672|gb|BW676168.1|BW676168
EST:     AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|192307308|gb|FK001266.1|FK001266
EST:     TGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: TGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|192307307|gb|FK001265.1|FK001265
EST:     AAGGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|151407003|gb|EV276818.1|EV276818
EST:     AGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|18732369|gb|BM527007.1|BM527007
EST:     ACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAAGA-TGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATG
genomic: ACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTG-AAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATG
EST: gi|24205580|gb|BU964833.1|BU964833
EST:     AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|151401089|gb|EV270903.1|EV270903
EST:     AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaagttcaacgacattgattgtcatatggttcattacctgcaccacgggttcttaatatttgcaaatccacttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC