Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTGATCGCCCCAATGTGTATATTAAGATTCCTGCTACAGAGGCATGTGTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgtgccacatcctttcatgtaatctgcaaattaaataaattagtatcatatattgttatgatatgctgttctaggttgggttattagctactt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G47790.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G47790.3 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g70170.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GGTTGATCGCCCCAATGTGTATATTAAGATTCCTGCTACAGAGGCATGTGTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgtgccacatcctttcatgtaatctgcaaattaaataaattagtatca--tatattgttatgatatgctgttctaggttgggttattagctactt---------------------------------------------------------
||| ||  | |||||||| || || ||||| |||||||| |  | |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| || || || ||||||        |     ||    |  | |       |  | | | | |||||  | |  |||  | || ||       | |       |      |  |                                                         
GGTCGACAGGCCCAATGTCTACATAAAGATCCCTGCTACCGCAGAATGTGTTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctgattcctagtatttccattgttttttttccaccttagtcattatcagctgtgctgtgtttatttgactgctcaagacatacaaccgctgagcttgccataacccttgatgctaagcttgttgataacaaattcattgcttgtcgctgcag

upper sequence: GLYMA08G47790.3 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0150g00190.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GGTTGATCGCCCCAATGTGTATATTAAGATTCCTGCTACAGAGGCATGTGTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgtgccacatcctttcatgtaatctgcaaatt---aaataaattagtatcatatattgttatgatatgctgttctaggttgggttattagctactt
|||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||   |||| || |||||||| |||||||||||| |   ||| || ||||| ||||| || |||||||| ||| |       |    | | || ||| ||   || || | |||||  |  |      | | || | |||  | |  ||  | |  | |||| |
GGTTGATCGCCCTAATGTCTATATAAAGATCCCAGCGACAGCTCCATGCGTCCCTTCAATCAAGGAAGTTATTTCACTTGGCATTAGTGTCAATGTAACTgtaagtttttgctatgcatccttg-attacctacaattttagaagtatactagtaaaac-tggaaaaaggttaagttgtcttggcatgattgacca-ctacat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18692732|gb|BM521580.1|BM521580
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|10233938|gb|BE802826.1|BE802826
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAC-TGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|254326716|gb|GR832868.1|GR832868
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGGA
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGG-A
EST: gi|254322565|gb|GR837979.1|GR837979
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|192327587|gb|FK020634.1|FK020634
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|8283342|gb|BE020903.1|BE020903
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTGATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGGTATTCTCTCTTGCGAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTG
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTG
EST: gi|14259727|gb|BG882635.1|BG882635
EST:     CTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: CTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|5058472|gb|AI736883.1|AI736883
EST:     GTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: GTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|9439855|gb|BE440368.1|BE440368
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|10846217|gb|BF071272.1|BF071272
EST:     ATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: ATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|57575533|gb|CX548508.1|CX548508
EST:     GCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTC-TGCAAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGA
genomic: GCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGC-AAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGA
EST: gi|4304431|gb|AI443618.1|AI443618
EST:     TGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|19271012|gb|BM887268.1|BM887268
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|298189327|gb|HO037730.1|HO037730
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGTAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|16346820|gb|BI972415.1|BI972415
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|298172428|gb|HO019468.1|HO019468
EST:     GCCTTCAATTAGGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGTAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: GCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|17022331|gb|BM093365.1|BM093365
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATAT
EST: gi|17963707|gb|BM270453.1|BM270453
EST:     ATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: ATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|10236155|gb|BE805043.1|BE805043
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|192312884|gb|FK004040.1|FK004040
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTTGATCGCCCCAATGTGTATATTAAGATTCCTGCTACAGAGGCATGTGTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgtgccacatcctttcatgtaatctgcaaattaaataaattagtatcatatattgttatgatatgctgttctaggttgggttattagctactt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA