Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACTACACTTCTCGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttttcattagagttgggtttatggaatgcttcgtttcttggtgaacatacaaaaaattgtgcattttatgtgaaaatccaaaagcagattgga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G17600.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G17600.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G382914_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
AACTACACTTCTCGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttttcattagagttgggtttatggaatgcttcg------tttcttggtgaacatacaaaaaattgtgcattttatgtgaaaatccaaaagcagattgga
|||| | ||| | || ||||| ||||| || ||||||||| | |||||||| |||||| | ||  |||| ||||||||||| || |||||| | ||||||||     | || |            | |       ||||       ||||||  |   | |  ||  ||| ||| |   |||     | |      || |      
AACTTCTCTTATTGAGAAGGCGAAGGCAAAGGGGGTTTCTCTTTTGCTTCCCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttatttacacataaacacctcagatggcacttcagaattatttctttctttccctttaatgaatcgtgaaagctattcactagtaattctgccg------

upper sequence: GLYMA08G17600.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT1G79550.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
AACTACACTTCTCGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgta-ctgcttt--tcattagagttgggtttatggaatgcttcgtttcttggtgaa-catacaaaaaattg-tgcattttatgtgaaa---atccaaaagcagattgga-
||   ||||  | || || || ||||| ||||| || ||| | ||||| ||||| |||||||| || || |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||       |||||   ||||  | |       ||   || |    || || |||  ||     || |    | | | | ||    |  || | |    ||| | 
AAAGTCACTCATGGAGAAAGCAAAGGCCAAAGGTGTCTCTCTCTTGCTCCCAACCGATGTGGTTATTGCTGACAAGTTTGCTCCCGATGCTAACAGCAAGgtaactatcacagtcattgtggttgactct-caatgggccatgtatgaaagtaaaacatttaagcgtctggtctggtctctttaaagctgacacatatgactcttgcag

upper sequence: GLYMA08G17600.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv19s0085g00370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
AACTACACTTCTCGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtac---------tgcttttcattagagttgggtttatggaatgcttcgtttcttggtgaacat--------acaaaaaattg-tgcattttatgtgaaa--atccaaaagcagattgga------------------------
|||| ||||||| |||||||||||| | ||||| || ||  |  | || ||  | ||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||           | ||| |  || ||      |||        |    | |||  |  || ||        || |   |||| |   | |||||  ||    |     |   | ||  |                        
AACTTCACTTCTTGAAAAGGCCAAGTCCAAAGGTGTCTCACTACTTCTCCCCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgcttgtccttctttttggaaaaaaatttccctgccccaaactctctcagaaaatattttcctcaactatccattgatatgtattatgataatttgtttctgaaagggttaaaaacttctgttcaatgtttttgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13481436|gb|BG510779.1|BG510779
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|16344823|gb|BI970418.1|BI970418
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|193644454|gb|FK589920.1|FK589920
EST:     TGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: TGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|254341878|gb|GR853015.1|GR853015
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|7028539|gb|AW458322.1|AW458322
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTGTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|58018976|gb|CX705718.1|CX705718
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|7924705|gb|AW830731.1|AW830731
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTTGG
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATT-GG
EST: gi|193593303|gb|FK548929.1|FK548929
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|193360606|gb|FK328162.1|FK328162
EST:     TGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: TGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|192314966|gb|FK010784.1|FK010784
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGGTTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|13312589|gb|BG406240.1|BG406240
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|193567235|gb|FK523362.1|FK523362
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|192306299|gb|FG995093.1|FG995093
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|207753511|gb|GD722829.1|GD722829
EST:     AGACAAGTTTGCTTGCTGATTGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: AGACAAGTTTGC-TGCTGA-TGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|18732324|gb|BM526992.1|BM526992
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|207828235|gb|GD801234.1|GD801234
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGAATGGGATTAGATATTGG
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGA-TGGGATTAGATATTGG
EST: gi|58019207|gb|CX705949.1|CX705949
EST:     CAACCGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGATAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: gi|17023004|gb|BM094030.1|BM094030
EST:     CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AACTACACTTCTCGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttttcattagagttgggtttatggaatgcttcgtttcttggtgaacatacaaaaaattgtgcattttatgtgaaaatccaaaagcagattgga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acaaaaaa