Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACGCAAGTTTTTCATTTATGTGCAAAATTACAATGAGAGTGATCCCAAGACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtacacttgttttcttgccgtgttcattatttatgcagattttaacgtctcaggctcagcatttgcattgctttcatactctgcataaatattt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G13300.3
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208192944|gb|GD987951.1|GD987951
EST:     ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|207734492|gb|GD712443.1|GD712443
EST:     ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|163927330|gb|EH040145.1|EH040145
EST:     ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|151394091|gb|EV263962.1|EV263962
EST:     ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACGCTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|192326977|gb|FK019239.1|FK019239
EST:     ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|4283991|gb|AI440725.1|AI440725
EST:     TTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: TTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|192328654|gb|FK023154.1|FK023154
EST:     ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|24136625|gb|BU927135.1|BU927135
EST:     ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|151407978|gb|EV277793.1|EV277793
EST:     ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACACCATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|151411945|gb|EV281756.1|EV281756
EST:     ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|192327650|gb|FK020669.1|FK020669
EST:     ACCCATGATGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|254321748|gb|GR825065.1|GR825065
EST:     ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC
EST: gi|120532856|gb|EH260989.1|EH260989
EST:     ATGAAGGGATGGAAAACCTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         AAAATACGGCTCTTGGATGATAACACTATAGACTTCATTGGGTCAATGCTT
genomic: ATGAAGGGATGGA---C-TTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGG-TCTTG-ATGATAACACTATAGACTTCATTGG-TCA-TGCTT
EST: gi|8826330|gb|BE210060.1|BE210060
EST:     ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGC                         ACAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTGTGGC
genomic: ACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtac ... tctgtgacagAAAATACGGTCTTGATGATAACACTATAGACTTCATTGGTCATGCTTTGGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CACGCAAGTTTTTCATTTATGTGCAAAATTACAATGAGAGTGATCCCAAGACCCATGAAGGGATGGACTTGACAAGAGTGACTACTAAAGAGTTGATAGCgtatgtgtacacttgttttcttgccgtgttcattatttatgcagattttaacgtctcaggctcagcatttgcattgctttcatactctgcataaatattt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA