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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgcttaaggtaggcttatttgataatttgatattcactgcttcgaatgaccttggttttatagttatttcttatgactagtgaacatcatataacattgaggcgtttgctgaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G07960.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151410591|gb|EV280406.1|EV280406
EST:     GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
genomic: GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
EST: gi|298199306|gb|HO042669.1|HO042669
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
genomic: GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
EST: gi|24135848|gb|BU926358.1|BU926358
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
genomic: GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
EST: gi|298184831|gb|HO030044.1|HO030044
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
genomic: GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
EST: gi|192328547|gb|FK023551.1|FK023551
EST:     GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
genomic: GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
EST: gi|298167316|gb|HO010755.1|HO010755
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
genomic: GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
EST: gi|254330221|gb|GR839774.1|GR839774
EST:     GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAG-TGACACTGGATTCAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
genomic: GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
EST: gi|298164922|gb|HO010919.1|HO010919
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
genomic: GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
EST: gi|22541663|gb|BU091506.1|BU091506
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
genomic: GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
EST: gi|192328548|gb|FK023552.1|FK023552
EST:     GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
genomic: GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
EST: gi|298178170|gb|HO023905.1|HO023905
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG
genomic: GTTATGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTCAAGgtaggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTAGCAAAAATTGGAGTTG