Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCATTTTTGGCAGTACCACTTGTTTTTATGCTCCTTTATGTTTGGAGTAGAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttcaatcttctgtaagttagtcttgttcttatgcatctgttacaggagctctatgaggtatatctttcattgtctgataggacccttttcttattttttttccccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G03630.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G03630.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT4G29330.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
CCCATTTTTGGCAGTACCACTTGTTTTTATGCTCCTTTATGTTTGGAGTAGAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtat---gtttcaatcttctgtaagttagtcttgttcttatgcatctgttacaggagctctatgaggtatatctttcattgtctgataggacccttttcttattttttttccccag
 || ||| | |  ||  ||||||| || ||||| |||||| | |||||  ||||||||||||||||| | |||| | ||||||| |||||  | ||||||||||      |   |||| |||||   | ||   | |||  | || | | |    |    |   || |  |      |||     | ||                           
ACCGTTTCTTGGTGTTTCACTTGTGTTCATGCTTCTTTATCTCTGGAGCCGAGAATTTCCAAATGCCAACATCAGCCTATACGGTCTTGTCACTCTTAAGgtattgaaagtgtttcttttgtaatcaaatccactccttg-gtatatataatgttaatggtgaaagttgga------attactccacag---------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192308725|gb|FG999764.1|FG999764
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|213599245|gb|DB960013.1|DB960013
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|151406483|gb|EV276298.1|EV276298
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|192332520|gb|FK025625.1|FK025625
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|193360005|gb|FK326749.1|FK326749
EST:     TAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: -AGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|42723245|gb|CK769144.1|CK769144
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|8827592|gb|BE211322.1|BE211322
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTNTGGATGTCATTTATGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|19452471|gb|BM953881.1|BM953881
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|298172446|gb|HO019486.1|HO019486
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCA
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCA
EST: gi|298183475|gb|HO028688.1|HO028688
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|22524785|gb|BU083596.1|BU083596
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|298169339|gb|HO020699.1|HO020699
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|21887095|gb|BQ740308.1|BQ740308
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|192332519|gb|FK025624.1|FK025624
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|298171588|gb|HO021180.1|HO021180
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATG
EST: gi|192308389|gb|FK001347.1|FK001347
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|192308360|gb|FK001346.1|FK001346
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|22522837|gb|BU081648.1|BU081648
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG