Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAATGCAACTTGCGGCAAAACTACTTATGTTCACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatgatctttatgattgagttgtggcatcattgaaggcttgaaggtgctgaatgttttccatacttatgtttttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G03600.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G03600.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv11s0016g02890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
AGAATGCAACTTGCGGCAAAACTACTTATGTTCACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatgatctttatgattgagttgtggcatcattgaaggcttgaaggtgctgaatgttttccatacttatgtttttcag--------------------
|||||||| ||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||    | ||| |  | ||||| |||   |  | ||    | | |        |||     |   || ||   | ||  |                     
AGAATGCATCTTCCGGTAGAACTACTTATGTTCATTGTAAAGCTGGACGAGGAAGGAGCACAACTATTGTGCTTTGCTATTTGgtaacatttcatcctcttcattgaattgcacccccttt---tgttaggcaccttcgaacagactttctaattgcctattaaaaaaaaaaacctgtgttgaaac
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193704417|gb|FK645679.1|FK645679
EST:     GGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: GGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|193433345|gb|FK395311.1|FK395311
EST:     CGGGGGAGGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: CGGGGGA-GGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|193533066|gb|FK493670.1|FK493670
EST:     GGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: GGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|193333104|gb|FK299954.1|FK299954
EST:     GGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: GGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|207825425|gb|GD800538.1|GD800538
EST:     GGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: GGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|208176978|gb|GD976049.1|GD976049
EST:     GGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: GGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|208024143|gb|GD824207.1|GD824207
EST:     TACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGGATATGTTCGGTCT
genomic: TACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|193345414|gb|FK309199.1|FK309199
EST:     GGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: GGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|192295656|gb|FG990510.1|FG990510
EST:     ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|193578968|gb|FK535820.1|FK535820
EST:     TACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: TACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|207832678|gb|GD803494.1|GD803494
EST:     ACTGTAAAGCTGGGC-GGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|207819140|gb|GD793274.1|GD793274
EST:     ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|19453452|gb|BM954862.1|BM954862
EST:     ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|213598064|gb|DB972252.1|DB972252
EST:     ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTG
genomic: ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTG
EST: gi|207684113|gb|GD667502.1|GD667502
EST:     CAACAATTGNGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: CAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|10254074|gb|BE821840.1|BE821840
EST:     ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGNCT
genomic: ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|207824934|gb|GD796828.1|GD796828
EST:     GTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: GTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
EST: gi|193425492|gb|FK388639.1|FK388639
EST:     ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATG                         GTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT
genomic: ACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatg ... tgtttttcagGTTGAATATAAGCACATGACACCTGCTGCTGCACTGGAATATGTTCGGTCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGAATGCAACTTGCGGCAAAACTACTTATGTTCACTGTAAAGCTGGGCGGGGGAGGAGTACAACAATTGTGCTTTGTTATATGgtaattgatgatctttatgattgagttgtggcatcattgaaggcttgaaggtgctgaatgttttccatacttatgtttttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG