Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGAATAAAGTCTAACGAACTGTTCCAGTTGAAGCAAGGATTGCTTGCAGATTTTTCTGATGCTAAACTTAATGAAGTATTGAAATCAAACAATTTGGATgtaagtgatgagataatttgtttgtctctatcaaagtttccttttcttcttgctcataccaattctatatatattgttgtctgaataattttctctctttctccctgtgtgtacagtgtgtgtgtatcattcccttgggtttttgctattaacttgtatgtgaccctaatatatttgtgaaatctttttctgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G01800.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193406321|gb|FK373516.1|FK373516
EST:     TTTTTCTGATGCTAAACTTAATGAAGTATTGAAATCAAACCAATTTGGAT                         AGTGTCTCAACTCAATTGCTTTTTAATATAGGAAATAGGATCCTAAGTGAT
genomic: TTTTTCTGATGCTAAACTTAATGAAGTATTGAAATCAAA-CAATTTGGATgtaagtgatg ... ttttctgcagAGTGTCTCAACTCAATTGCTTTTTAATATAGGAAATAGGATCCTAAGTGAT
EST: gi|208298630|gb|GE094153.1|GE094153
EST:     TCAAACAATTTGGAT                         AGTGTCTCAACTCAATTGCTTTTTAATATAGGAAATAGGATTCTGAGTGAT
genomic: TCAAACAATTTGGATgtaagtgatg ... ttttctgcagAGTGTCTCAACTCAATTGCTTTTTAATATAGGAAATAGGATCCTAAGTGAT