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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTACCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctattttcatcctaaaattattggcattgcaaatgcttattatttttgtagagtattcaaattgtgtatgtgacttctagaaaaggctgcttgtactgctattatcttatatatgctcatattcttcatgttttattattttaatgttccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G40330.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18690670|gb|BM519518.1|BM519518
EST:     CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACAT                         GCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctat ... aatgttccagGCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|151397206|gb|EV267079.1|EV267079
EST:     CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACAT                         GCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctat ... aatgttccagGCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|193660468|gb|FK603896.1|FK603896
EST:     CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACAT                         GCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctat ... aatgttccagGCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|208196775|gb|GD997926.1|GD997926
EST:     CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACAT                         GCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctat ... aatgttccagGCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|37995961|gb|CF807550.1|CF807550
EST:     CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACAT                         GCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctat ... aatgttccagGCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|14259347|gb|BG882247.1|BG882247
EST:     CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACAT                         GCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctat ... aatgttccagGCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|8285571|gb|BE023130.1|BE023130
EST:     CCAGCTTGAA-GGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACAT                         GCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCT
genomic: CCAGCT-GAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctat ... aatgttccagGCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCT
EST: gi|298183837|gb|HO029050.1|HO029050
EST:     CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACGT                         GCCCACGTTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctat ... aatgttccagGCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|193511314|gb|FK470823.1|FK470823
EST:     CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACAT                         GCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctat ... aatgttccagGCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|10709381|gb|BF009105.1|BF009105
EST:     CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACAT                         GCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctat ... aatgttccagGCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|20812959|gb|BQ297437.1|BQ297437
EST:     CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACAT                         GCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctat ... aatgttccagGCCCACATTGAACAATGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TTACCCAGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCTTTGATTGAACATgtgagtctattttcatcctaaaattattggcattgcaaatgcttattatttttgtagagtattcaaattgtgtatgtgacttctagaaaaggctgcttgtactgctattatcttatatatgctcatattcttcatgttttattattttaatgttccag

- -  CAGCTG
- - - AGCTGA