Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAATTGATTGACTTGCCTGGATTGGACCAGCGGATAGTGGATGACAAAATGGTGAGTAGGTATATGTTATCTTGTCCTAAGTTTAAATTCAGCATGAGGgtatgtttagttttaattatttcttatatctatggttctttttgaggtattctctctgtagagaagttatgccttctctttcatcatttttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G40300.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G40300.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT1G59610.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
----------GAAATTGATTGACTTGCCTGGATTGGACCAGCGGATAGTGGATGACAAAATGGTGAG--TAGGTAT------ATG---TTATCTTGTCCTAAGTTTAA--ATTCAGCATG-AGGgtatgtttagttttaattatttcttatatctatggttctttttgaggt-attctctctgtagagaagttatgc-cttctctttcatcatttttag
          |||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||| ||    ||||| ||  |||| |       |||   || || |  ||  | |  |    |  | |||| ||  | |    | |||| |||     || |  || | |  |||  |    | ||| ||  |||       | ||    ||||||    || ||   ||
CTCCACCACTGAAATTGATTGATTTGCCTGGACTGGACCAGCGAATTGTGGACGATTCTATGgtaagcttaggaactgcttgatgcctttgtcatccccctaatccacctgtcaaccatggagaatttccacattttttattcggcattctggctgtagggcttcatagattcattatcattgtcatcttataatttgtttctctcctctctttgcaag