Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGAGCATGATGTTGTCTGGTTTTGGCTGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcataatgacttttagaatatcttctactgttacagtgtttttgaggggagttgagaatcaatgaatcatcattttttatgtcttgtgctgtta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G03680.3
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G03680.3 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os06g05080.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
--GATGAGCATGATGTTGTCTGGTTTTGGCTGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcataatgactttt---agaatatcttctactgttacagtgtttttgaggggagttga-gaatca---atgaatcatcatttt----ttatgtct--tgtgctgtta----------------------
  || ||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| || || ||| | ||||||||    ||| |||  || |  || ||   | |||  |||    ||| | ||   |||      |||      ||||    ||   |    || ||    | ||||    || ||| | |                      
AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGAATGCCCTGTCTGCACTCAGTATTTCTCGgtatgttggtactttctgttgacaaaatcgcttgccttgtgagagcaatttctgcatgagccactaaatcgcgcatatgttggtatgttgtcctgatgttcgctgagctatcaacttgcaactttatgttcacag

upper sequence: GLYMA07G03680.3 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0002g06000.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
--GATGAGCATGATGTTGTCTGGTTTTGGCTGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcataatgacttttagaatatcttctactgttacagtgtttttgagggg-agttgagaatcaatgaatcatcattttttatgtcttgtgctgtta
  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| || |||||| ||||||||||    ||||||| |  || ||   |  | |     ||| |  |  |||  | ||  ||   || |||   | | |      |    | | | |  || ||    | 
AGGATGAGCATGATGTTGTCTGGTTTTGGCTGGAGAAAGGCAAGTCACATGAATGCCCTGTGTGCTCACAGTATTTCACGgtaagttgaggataacacctgaactgatcactaattatttagtcctgttctggcatagatgaaggtgactctggatttggatatgaagctttatgtctat-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15812956|gb|BI785231.1|BI785231
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAATTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|120496663|gb|EH224830.1|EH224830
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|31306843|gb|CD392046.1|CD392046
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|192330937|gb|FK023110.1|FK023110
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|120496630|gb|EH224797.1|EH224797
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|254334850|gb|GR844635.1|GR844635
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|193557652|gb|FK511965.1|FK511965
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|31464153|gb|CD406181.1|CD406181
EST:     CCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: CCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|37997246|gb|CF808835.1|CF808835
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|31308540|gb|CD393743.1|CD393743
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|31476276|gb|CD418304.1|CD418304
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|58024911|gb|CX711652.1|CX711652
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATGAGCATGATGTTGTCTGGTTTTGGCTGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcataatgacttttagaatatcttctactgttacagtgtttttgaggggagttgagaatcaatgaatcatcattttttatgtcttgtgctgtta

- - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggggagt