1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TACTCTCAATGGAACCTTGTTGTGCAGCATCCTAATTTAGATAATATTACCCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttctatctttcatagccacaatcctagatgatcttgtgaagaaaataccacaattcttatgttattgatttgcaatatggttttacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G22410.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|13125391|gb|BG315961.1|BG315961
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCA-CTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|31465208|gb|CD407236.1|CD407236
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|208098805|gb|GD892650.1|GD892650
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|16344412|gb|BI970007.1|BI970007
genomic: CCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|13125465|gb|BG316035.1|BG316035
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|8827566|gb|BE211296.1|BE211296
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATG-TGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|19052834|gb|BM731501.1|BM731501
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|8284808|gb|BE022367.1|BE022367
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|58022311|gb|CX709052.1|CX709052
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|27424522|gb|CA936042.1|CA936042
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|7925487|gb|AW831513.1|AW831513
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CAGCTCTAT-AGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTATCTTTCTTEST: gi|11413760|gb|BF425771.1|BF425771
genomic: CAGCTCT-TCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|17519667|gb|BM188709.1|BM188709
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTTEST: gi|16344479|gb|BI970074.1|BI970074
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
EST: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGA ATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
genomic: CCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttcta ... ggttttacagATGATACAAGTATGCTGTGGGGAGTCAAGTTCTACAATGATTTTCTTTCTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TACTCTCAATGGAACCTTGTTGTGCAGCATCCTAATTTAGATAATATTACCCAGCTCTTCAGTTTTAATTACAAGTCACTAAATCCCTATGAGGGCTTGAgtaagttctatctttcatagccacaatcctagatgatcttgtgaagaaaataccacaattcttatgttattgatttgcaatatggttttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC