1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TGACAAAGATGGCAGAGTAACGTTTGAGGAACTAAAGGCTGGGTTGAGGAAGGTTGGTTCACAATTGGCTGAGCCAGAGATAAAGATGCTGATGGAAGTGgtaaatttctataattttatatcatttataatttataatgtaattacttcgaataatatcagttctttgatcatcaccatgttatgacttaagtcaatct...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G20170.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTTCACAATTGGCTGAGCCAGAGATAAAGATGCTGATGGAAGTG GCTGATG-TGATGGGGAATGGAGTACTTGACTATGGAGAGTTNGTAGCTGTEST: gi|151396725|gb|EV266598.1|EV266598
genomic: GTTCACAATTGGCTGAGCCAGAGATAAAGATGCTGATGGAAGTGgtaaatttct ... aattgcatagGCTGATGTTGAT-GGGAATGGAGTACTTGACTATGGAGAGTTTGTAGCTGT
EST: AGGTTGGTTCACAATTGGCTGAGCCAGAGATAAAGATGCTGATGGAAGTG GCTGATGTTGATGGGAATGGAGTACTTGACTATGGAGAGTTTGTAGCTGTTEST: gi|14258897|gb|BG881805.1|BG881805
genomic: AGGTTGGTTCACAATTGGCTGAGCCAGAGATAAAGATGCTGATGGAAGTGgtaaatttct ... aattgcatagGCTGATGTTGATGGGAATGGAGTACTTGACTATGGAGAGTTTGTAGCTGTT
EST: AGGTTGGTTCACAATTGGCTGAGCCAGAGATAAAGATGCTGATGGAAGTG GCTGATGTTGATGGGAATGGAGTACTTGACTATGGAGAGTTTGTAGCTGTT
genomic: AGGTTGGTTCACAATTGGCTGAGCCAGAGATAAAGATGCTGATGGAAGTGgtaaatttct ... aattgcatagGCTGATGTTGATGGGAATGGAGTACTTGACTATGGAGAGTTTGTAGCTGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGACAAAGATGGCAGAGTAACGTTTGAGGAACTAAAGGCTGGGTTGAGGAAGGTTGGTTCACAATTGGCTGAGCCAGAGATAAAGATGCTGATGGAAGTGgtaaatttctataattttatatcatttataatttataatgtaattacttcgaataatatcagttctttgatcatcaccatgttatgacttaagtcaatct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG