Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCAGTGACAGGAGCCTCAAAGCTACTTGCCAATATTTTATACTCTTATCGTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcacaagacaaattattgagcaactttttctcagctagtccaattgttacttacagcatttatctcttttttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G17960.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
TTCAGTGACAGGAGCCTCAAAGCTACTTGCCAATATTTTATACTCTTATCGTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgt-aattcacaagacaaattattgagcaa----ctt---tttctcagcta-gtccaattgt-tacttacagcatt-tatctcttttttag
 ||  |  | || || ||||||||  | ||||| ||  | ||||| || ||||| |||||  | ||  ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    |||     ||||  |     |||   ||| |  |||  || | | | | ||||||  |  || ||||||  | |   
CTCTATTGCTGGTGCTTCAAAGCTTTTGGCCAACATCCTGTACTCCTACCGTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcagcctacatgcctttgattagaagtcttaagtttatgtgctgtgtgctactctatacttaatgtgttctatctcgatctag-

upper sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT1G13060.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TTCAGTGACAGGAGCCTCAAAGCTACTTGCCAATATTTTATACTCTTATCGTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcacaaga----caaattattga----gcaactttttctcagct---agtccaattgt----tacttacagcatttatctcttttttag---
 || ||  | ||||| || || || |||||||| ||  | || || || |||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||| || || || | | | |  |    || ||  |  |    |  | ||| |  |  |    |    |||| |    | || |   | ||||  |||| | ||    
CTCTGTTTCCGGAGCTTCGAAACTTCTTGCCAACATGCTCTATTCATACCGTGGAATGGGACTTTCTGTTGGTACAATGATTGCTGGATGGGACGAAACTgtcagtaaaaccaacttcatatcttcaacactgttattttcttcccacgcaaaaggaaattttgaaatgctaaatccgtttacttcttgtataatag

upper sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT3G26340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TTCAGTGACAGGAGCCTCAAAGCTACTTGCCAATATTTTATACTCTTATCGTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgt-aattcacaagacaaattattg-agcaactttttctcagctagtcca-attgttacttac---agcatttatctcttttttag-----------------------
 || ||  ||||||| |||||||| ||||| || ||  | || || ||||||||||||||  | |||||||| || |||||||||||||||||||| || || | | | | | ||    |||   | |   | ||||       |||   | | | ||| ||   |||     ||    |  ||                        
CTCTGTTTCAGGAGCTTCAAAGCTTCTTGCTAACATGCTCTATTCATATCGTGGAATGGGACTTTCTGTTGGCACAATGATTGCTGGATGGGATGAAACAgtcagtaccctaaactttatatcctaactgttatttccttctcggtctgtagtttcactcaccaaagcgaaagtcgagatgctaaaattgtaatcttttttgaaatag

upper sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TTCAGTGACAGGAGCCTCAAAGCTACTTGCCAATATTTTATACTCTTATCGTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcacaagacaaattattgagcaactttttctcagctagtccaattgttacttacagcatttatctcttttttag---------
|||||| ||||| || ||||| || || || || ||| |||| ||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||    |      | ||||  | ||   | | |   |||    |||| | |    |   || | |||  ||| | |         
TTCAGTTACAGGGGCTTCAAAACTGCTGGCAAACATTCTATATTCTTACCGTGGAATGGGTCTATCTGTTGGGACCATGATTGCTGGGTGGGATGAAACGgtaat---gagatttgaatattatgaaatgatcttttgcctatcttaatt-tcatgatcttaatctgtctactttgtggggtatgtag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|57574193|gb|CX547168.1|CX547168
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|192326892|gb|FK015134.1|FK015134
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|6847935|gb|AW350225.1|AW350225
EST:     GTNGAATGGGGTTATCTGNNNGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCNTNGTCTATATTATGTTGATAGTGAANNNGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|192317518|gb|FK008970.1|FK008970
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAA
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAA
EST: gi|151396982|gb|EV266855.1|EV266855
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|6724865|gb|AW309264.1|AW309264
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|214005036|gb|DB985660.1|DB985660
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|209722634|gb|BW682710.1|BW682710
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGA
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGA
EST: gi|209696469|gb|BW664018.1|BW664018
EST:     CTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: CTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|57574361|gb|CX547336.1|CX547336
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|9440180|gb|BE440690.1|BE440690
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|209722635|gb|BW682711.1|BW682711
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|31306894|gb|CD392097.1|CD392097
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|17023638|gb|BM094672.1|BM094672
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGA
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGA
EST: gi|120532998|gb|EH261131.1|EH261131
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTG
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTG
EST: gi|17519310|gb|BM188352.1|BM188352
EST:     TGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: TGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|254332573|gb|GR846511.1|GR846511
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|120533057|gb|EH261190.1|EH261190
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|151402945|gb|EV272758.1|EV272758
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATATTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|208181316|gb|GD978041.1|GD978041
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|213599779|gb|DB968429.1|DB968429
EST:     TGGAATGGGCGT-ATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGAT
genomic: TGGAATGGG-GTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGAT
EST: gi|192317519|gb|FK008971.1|FK008971
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|19345836|gb|BM890716.1|BM890716
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTCAGTGACAGGAGCCTCAAAGCTACTTGCCAATATTTTATACTCTTATCGTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcacaagacaaattattgagcaactttttctcagctagtccaattgttacttacagcatttatctcttttttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA