Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATTTCAAAGGTCCTGAGCTTCTTGTTGATCTTCAAGACTATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggttcactttccttcaagtgcaatttttatattatacattgttttggcctggtttttcctttctgagataaaccttagaatcttgatttactgcatgatataccaatttctccttttgaagtcatacaggtttaaatctcctcccctgcttgcctcatgcttgtgtttttactttttacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G22320.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G22320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT2G23070.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
ATATTTCAAAGGTCCTGAGCTTCTTGTTGATCTTCAAGACTATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggttcactttccttcaagtgcaatttttatattatacattgttttggcctggtttttcctttctgagataaaccttagaatcttgatttactgcatgatataccaatttctccttttgaagtcatacaggtttaaatctcctcccctgcttgcctcatgcttgtgtttttactttttacag
 || || || ||||| ||||| || || ||| | || ||||||||||| ||  ||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  | || |   |      | |  | ||    |  | ||   |||  |||  ||         |||     || |  || |    ||  |||||       ||    | ||          ||||  |  |  ||    | | |||  ||| ||||                            
GTACTTTAAGGGTCCAGAGCTGCTGGTGGATTTACAGGACTATGATTATTCCTTAGACCTATGGAGTCTTGGGTGTATGTTTGCTGGAATGgtaagcgttttaagcta----gaatttagttaacttggtttaagctgtaatggaatgacaaga--attcgacagtacattttgg----ttattttaccattccttaagttagtt----------aagtggtgaatatt---gtatactctactgtttgcag--------------------------

upper sequence: GLYMA05G22320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv07s0129g00270.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ATATTTCAAAGGTCCTGAGCTTCTTGTTGATCTTCAAGACTATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggttcactttccttcaagtgcaatttttatattatacattgttttggcctggtttttcctttctgagataaaccttagaatcttgatttactgcatgatataccaatttctccttttgaagtcatacaggtttaaatctcctcccctgcttgcctcatgcttgtgtttttactttttacag
|||||| |||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |         |||||| | | || | ||| | |||| |   | |||||    |  |  ||  || | || ||     ||   |  | ||  |    || |  |                                                                                 
ATATTTTAAAGGTCCCGAACTTCTTGTTGATTTGCAAGACTATGATTACTCTCTAGATTTGTGGAGCCTTGGTTGTATGTTTGCTGGAATGgtgagca------tttcctcctactgta-tttgtttattttg-gtagtttttattt--tcatttgttgcagacatggcatttcatagttcgaactgtcacaaggcagttt-----------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA05G22320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: PP1S165_119V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
ATATTTCAAAGGTCCTGAGCTTCTTGTTGATCTTCAAGACTATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggttcactttccttcaagtgcaatttttatattatacattgttttggcctggtttttcctttctgagataaaccttagaatcttgatttactgcatgatatac--caatttctccttttgaagtcat-acaggtttaaatctcctcccctgcttgcctcatgcttgtgtttttactttttacag
 || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||  | |||||  | || || |||||||| || |||||||||       ||   | ||||| |||| |||  ||  | | |  || |  |   |||| ||  | |   |||   | ||    | | | |||   || ||||   |   ||         ||||||| ||  |||                                                    
GTACTTCAAGGGTCCTGAGCTGCTGGTTGATCTTCAAGATTATGATTACTCTCTCGACATGTGGAGCTTGGGGTGCATGTTTGCCGGCATGgtaaat-------ttaattccaagttcaatatttcgatggtccttgattatcac--agtttgtcgctacgttgatttgctttttggtttagtttttgagcttgattctcgttaaacaggtgaattgaagtgattgcag----------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37995826|gb|CF807415.1|CF807415
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|15815566|gb|BI787841.1|BI787841
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|18848708|gb|BM567820.1|BM567820
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|17153984|gb|BM143917.1|BM143917
EST:     CTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: CTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|20814462|gb|BQ298940.1|BQ298940
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|192303250|gb|FG995586.1|FG995586
EST:     TCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: TCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|31465610|gb|CD407638.1|CD407638
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATTAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|16343159|gb|BI968754.1|BI968754
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|9819518|gb|BE555031.1|BE555031
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTTCGTAAGGAGCCATTCCTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|7640075|gb|AW734384.1|AW734384
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|17401154|gb|BM177936.1|BM177936
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG