Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgttaatgtcttgtcttgtagtcattttaaagttgtattgtcatatttcatattaacaacagatctataatggtgctgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G14330.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G14330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G008623_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
-------------CGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgttaatgtcttgtcttgtag-tcattttaaagttgtattgtcatatttcatattaacaacag-atctataatggtgctgcag---
              || ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||||||||||| |||| |  | || |  |  | |||  || |     |   |  | || |    | ||| || |   |  | |   ||||   | ||    |  || || |    
TTTAATGGACTAGGGTCTATGGAGAACCCATTCCTGTTAAGGAATTGGCTGATCGTGTGGCAAGTTATGTTCATCTTTGCACGCTGTACTGGTGGCTCAGgtaatatattcaacagtgtccat-aataactggaggcatgacttgtattcatcaagcattatcctggctactgtagtcaaccctaactcggtttctgttgtaccag

upper sequence: GLYMA05G14330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G008623_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgttaatgtcttgtcttgt-agtcattttaaagttgtattgtcatatttcatattaacaacag-atctataatggtgctgcag---
 || ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||||||||||| |||| |  | || |  |  | |||  || |     | | |  | || |    | ||| || |   |  | |   ||||   | ||    |  || || |    
GGTCTATGGAGAACCCATTCCTGTTAAGGAATTGGCTGATCGTGTGGCAAGTTATGTTCATCTTTGCACGCTGTACTGGTGGCTCAGgtaatatattcaacagtgtccat-aataactggaggcatgacttgtattcatcaagcattatcctggctactgtagtcaaccctaactcggtttctgttgtaccag

upper sequence: GLYMA05G14330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G130398_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgttaatgtcttgtcttgtagtcattt-taaagttgtattgtcatatttcatattaacaacagatctataatgg-tgctgcag-----
 || ||||| ||||| ||| |||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||||||||||| |||| |  | || |    ||  |||  |  |   |   | |||| ||  |    |     || ||    | |      |   |||   ||| | ||   |     
GGTCTATGGAGAACCCATTTCTGTGAAGGAATTGGCTGATCGTGTGGCAAGTTATGTTCATCTTTGCACGCTGTACTGGTGGCTCAGgtaatatatttaacagtagtggtccatgattactggaggcatgatttgtatcgaccaaacactattttggccactgtagtaaaccctaacttggcttctcttgatcag

upper sequence: GLYMA05G14330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G130398_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
------CGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgttaatgtcttgtcttgtagtcattt-taaagttgtattgtcatatttcatattaacaacagatctataatgg-tgctgcag-----
       || ||||| ||||| ||| |||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||||||||||| |||| |  | || |    ||  |||  |  |   |   | |||| ||  |    |     || ||    | |      |   |||   ||| | ||   |     
GACCAGGGTCTATGGAGAACCCATTTCTGTGAAGGAATTGGCTGATCGTGTGGCAAGTTATGTTCATCTTTGCACGCTGTACTGGTGGCTCAGgtaatatatttaacagtagtggtccatgattactggaggcatgatttgtatcgaccaaacactattttggccactgtagtaaaccctaacttggcttctcttgatcag

upper sequence: GLYMA05G14330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G445100_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaac--caattcctgttaatgtctt--gtcttgtagtcattt-taaagttgtattgtcatatttcatattaacaacagatctataa-tggtgctgcag
 || ||||| ||||| ||| |||| |||||| | || || |||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||||||||||| |||| | ||    | |  |   |||   ||   |  |     |||||  | ||  | |||| |    || |   | |||   | ||   |   || |||  |||
GGTCTATGGAGAACCCATTTCTGTGAAGGAATTGGCAGATCGTGTGGCAAGTTATGTTCATCTTTGCACGCTGTACTGGTGGCTCAGgtaatatttcaagagtagtggcccataactactggagcatgactttcattcatcaaactttatttttg-gttactgctcaactctaaattggtttctgttgcatcag

upper sequence: GLYMA05G14330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT2G27020.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
CGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgttaatgtcttgtcttgtagtcattt-taaagttgtattgtcatatttcatattaacaacagatctataatggtgctgcag
 || ||||||||  |  | ||||| ||||||||| |||| ||||| || |||||||| || || ||||| || |||||||||||||||||   |||   |||||||   |  | |||||   | |||||||  |    | || |  |     | |  ||  ||| || |    | | ||  ||  |   
TGTTTATGGCGATGCTGTACCTGTGAAGGAACTTTCTGAGCGTGTTGCAAGTTATGTACATCTGTGTACCCTGTATTGGTGGCTCAGgtt---tgt---ccaattc--atctacgtctt---tggtagtcacctacgcatttctcctacttgaatgaattataagaaaatggtttttattttgtag---

upper sequence: GLYMA05G14330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
CGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgtt------atatgtga-accaattcctgttaatgtcttg--tcttgtagtcattttaaagt----------tgtattgtcatatttcatattaacaacagatctataatggtgctgcag
 || ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||||||||||||      |||| | |   || | |  || | |   |||  | || |   |  ||| || |          ||  || || | |||| | || |  |   ||   || || || |||||
TGTGTATGGTGAAGCAATTCCTGTGAAGGAACTTGCCGAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaatatctcatgacactgctcgtcatttatttgattattttttccccttttaaatggagtctatgtgctttttcttttttcttttttatga-gaataattactgatgatgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23726817|gb|BU761411.1|BU761411
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|23726961|gb|BU761493.1|BU761493
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|192295112|gb|FG986831.1|FG986831
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGCCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|192295381|gb|FG986995.1|FG986995
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|193568471|gb|FK522624.1|FK522624
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|31309584|gb|CD394787.1|CD394787
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|192312343|gb|FK005347.1|FK005347
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|192320029|gb|FK013357.1|FK013357
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACTTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|192324604|gb|FK018730.1|FK018730
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|208085744|gb|GD882390.1|GD882390
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|151400518|gb|EV270332.1|EV270332
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|15200376|gb|BI424317.1|BI424317
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|298165082|gb|HO011131.1|HO011131
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAAGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|15202371|gb|BI425366.1|BI425366
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|213590582|gb|DB973327.1|DB973327
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|14205743|gb|BG839421.1|BG839421
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|6482269|gb|AW201540.1|AW201540
EST:     GACCGGGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAG
genomic: -ACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAG
EST: gi|192332050|gb|FK024552.1|FK024552
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|151409026|gb|EV278834.1|EV278834
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|254338069|gb|GR849701.1|GR849701
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|151410622|gb|EV280437.1|EV280437
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGAATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|16348120|gb|BI973715.1|BI973715
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|192303719|gb|FG994557.1|FG994557
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|17963995|gb|BM270737.1|BM270737
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|208325123|gb|GE118357.1|GE118357
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|151411428|gb|EV281239.1|EV281239
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|298162963|gb|HO011696.1|HO011696
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|298174725|gb|HO014756.1|HO014756
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|193445806|gb|FK414045.1|FK414045
EST:     ATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: ATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
EST: gi|298195782|gb|HO044173.1|HO044173
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgttaatgtcttgtcttgtagtcattttaaagttgtattgtcatatttcatattaacaacagatctataatggtgctgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG