1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TTCATGGGGCATTATGTGGCCATTAATCAGGGGACTAAAAGGGGAATGGTTTCCTGCAAGCATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAGgtctaaattttgttataactaaaggattctatcacagctatataatatttagtttagttctttcaatttcattccttgattttttcttttgcttgctgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G41020.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTCCTGCAAGCATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAG GTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTCEST: gi|193668875|gb|FK611111.1|FK611111
genomic: TTCCTGCAAGCATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAGgtctaaattt ... cttgctgcagGTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTC
EST: CATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAG GTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTCEST: gi|151401655|gb|EV271468.1|EV271468
genomic: CATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAGgtctaaattt ... cttgctgcagGTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTC
EST: TTCCTGCAAGCATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAG GTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTCEST: gi|193733132|gb|FK668349.1|FK668349
genomic: TTCCTGCAAGCATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAGgtctaaattt ... cttgctgcagGTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTC
EST: CATAGCAGAGNGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAG GTTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTEST: gi|193578369|gb|FK537589.1|FK537589
genomic: CATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAGgtctaaattt ... cttgctgcagG-TTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGT
EST: CAAGCATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAG GTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTCEST: gi|193562701|gb|FK517846.1|FK517846
genomic: CAAGCATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAGgtctaaattt ... cttgctgcagGTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTC
EST: CCTGTAAGCATTAGTCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAG GTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTCEST: gi|193513122|gb|FK470950.1|FK470950
genomic: CCTGCAAGCA-TAG-CAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAGgtctaaattt ... cttgctgcagGTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTC
EST: CATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAG GTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTCEST: gi|193579288|gb|FK538464.1|FK538464
genomic: CATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAGgtctaaattt ... cttgctgcagGTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTC
EST: CATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGG-TATAAG GTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTCEST: gi|26045712|gb|CA783212.1|CA783212
genomic: CATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAGgtctaaattt ... cttgctgcagGTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTC
EST: TTCCTGCAAGCATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAG GTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTC
genomic: TTCCTGCAAGCATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAGgtctaaattt ... cttgctgcagGTTTTTATTTCCATTGCTTTGATTCTTGGTGATGGGCTTTACAATTTTGTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTCATGGGGCATTATGTGGCCATTAATCAGGGGACTAAAAGGGGAATGGTTTCCTGCAAGCATAGCAGAGAGTAGCATGAAGAGTCTTAATGGTTATAAGgtctaaattttgttataactaaaggattctatcacagctatataatatttagtttagttctttcaatttcattccttgattttttcttttgcttgctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA