1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
AAGACCAGCTTGAAGAAAGAATGACACGCATCAAGGAGGATCCATCTCTGAAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagcaatttttctttttaattttttttttttttgctgtttttgacatttccatatttcccccataatattgatgtcaagtagcttcttaagtgattctttttatttcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G12950.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GT-CTGGAATGATGANGAGGNTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCTEST: gi|151411377|gb|EV281188.1|EV281188
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
EST: AACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCTEST: gi|151401177|gb|EV270991.1|EV270991
genomic: AACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGG-TGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGA-TGATGAAGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCTEST: gi|192324548|gb|FK018704.1|FK018704
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCTEST: gi|16996353|gb|BM085725.1|BM085725
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCTEST: gi|11274419|gb|BF324772.1|BF324772
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTGTGCGGEST: gi|151403875|gb|EV273685.1|EV273685
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGG
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAEST: gi|208174645|gb|GD967668.1|GD967668
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGA
EST: AGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCTEST: gi|7042039|gb|AW471933.1|AW471933
genomic: AGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAATTTGGGACAAACCATGGGEST: gi|213605925|gb|DB956639.1|DB956639
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGG
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATEST: gi|192325659|gb|FK019515.1|FK019515
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGAT
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCTEST: gi|254328123|gb|GR835088.1|GR835088
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCTEST: gi|14125996|gb|BG790434.1|BG790434
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACCTGGAA-GATGAGGAGEST: gi|192323427|gb|FK016378.1|FK016378
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTAC-TGGAATGATGAGGAG
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCTEST: gi|208134410|gb|GD933099.1|GD933099
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
EST: AGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCTEST: gi|58018407|gb|CX705149.1|CX705149
genomic: AGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
EST: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCTEST: gi|208198272|gb|GD996413.1|GD996413
genomic: AAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
EST: AGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAG GTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
genomic: AGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagc ... tttatttcagGTACTGGAATGATGAGGAGGTTTTGCGGAAGTTGGGACAAGCCATGGGTCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGACCAGCTTGAAGAAAGAATGACACGCATCAAGGAGGATCCATCTCTGAAACATATTTTGGAGGAGATAGAGACTGGTGGTCCTGCTGCTATGATGAGgtttagaagcaatttttctttttaattttttttttttttgctgtttttgacatttccatatttcccccataatattgatgtcaagtagcttcttaagtgattctttttatttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT