Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGCAAGAATTGGCACTTGCTCTGTCTTTGAAATGCTTATCATTTGATTTTGTGGGGACTTCTGTTGATGAAAGTTCAGACGAGTTTGGCACAGTTCAGgtatctgcttgttttatttttatttaaaattttaatttttgcaaaatcctacatgaattccttcaatgttggttcatgttcatctactatcttggaatatggtggtttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G00430.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT5G06120.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
ATTGCAAGAATTGGCACTTGCTCTGTCTTTGAAATGCTTATCATTTGATTTTGTGGGGACTTCTGTTGATGAAAGTTCAGACGAGTTTGGCACAGTTCAGgtatctgcttgttttatttttatttaaaattttaatttt-tgcaaaatcctacatgaattccttcaatgttggttcatgttcatctactatcttggaata-tggtggtttgcag
 || ||||||||||| ||| ||||  |  |||  ||  |||||||||| ||||| || |||||  ||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||      ||  |    || ||| |  ||| |   ||   |||    | |   ||| |||  |  | |  |  || | |    |  ||| ||| |   || || |  | |  ||
TTTACAAGAATTGGCGCTTTCTCTTGCACTGAGGTGTGTATCATTTGACTTTGTCGGAACTTCAATTGATGAAAGCACAGAGGAGTTTGGTACAGTTCAGgttgaacattaatgatcttctatcttcaatctcttttcaatgctttgtgcc-tatgtatttgtgtactcgtttttaaggggtgttaact-tctagtgttactgataatgtttag

upper sequence: GLYMA04G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
ATTGCAAGAATTGGCACTTGCTCTGTCTTTGAAATGCTTATCATTTGATTTTGTGGGGACTTCTGTTGATGAAAGTTCAGACGAGTTTGGCACAGTTCAGgtatctgct-tgttttatttttatttaaa--attttaatttttgcaaaatcctacatgaattccttcaatgttggttcatgt-tcatctacta-----tcttggaatatggtggtttgcag
 || || || |||||| || |||| ||  | ||||| ||||| || |||||||| || || ||| | |||||||||||||| |||||||| || |||||||||       | ||||||    | |      |||||  ||| ||         | | |||  || |    ||||  |||||  |    |||||     | || |  | || || |    ||
GTTACAGGAGTTGGCAATTTCTCTTTCCCTTAAATGTTTATCTTTCGATTTTGTTGGAACATCTATAGATGAAAGTTCAGAAGAGTTTGGTACTGTTCAGgtaaagatggtattttatgacaagtatgtttattttggtttgtgttggtaataataagaacgcccttttagttgtctcatgcattgaatactaaatagtattcgcttgtgatgatcc-tag