Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACATGGAATGCCTTGTCCTTTGGAACCTGCACTAGGACTCTCCGGCAACACTCTGACTATGTTACTTGCCTCGCAGCAGCAGAAAAAAATgtaatgtacttcaaagttcaaacatgttatgcttcttattatgtgccttaagaaaaagttcattttattgtttctatatgctccacattaaacagatagctactttggttgaattatcaatgtcaaatccattctttgatcctttaatagtgtcttgctttttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G40440.3
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G40440.4 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv14s0030g01350.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ACATGGAATGCCTTGTCCTTTGGAACCTGCACTAGGACTCTCCGGCAACACTCTGACTATGTTACTTGCCTCGCAGCAGCAGAAAAAAATgtaatgtactt--caaagttcaaacatgttatgcttcttattatgtgccttaagaaaaagt-tcattttattgtttctatat--gctccacattaaacagatagctac---tttggttgaattat------caatgtcaaatccattctttgatcctttaatagtgtcttgctttttag
|| ||||||  ||||||   |||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |  ||  |||| ||    ||||  ||  |  ||| |   |   | |||      | ||| | || || |  ||| |  | | ||  || ||   |  | | |   |||||  | ||| |         ||||     |||| | ||||||||| |||||||| ||| ||||||
ACCTGGAATTGCTTGTCTGATGGAACTTGTACCAGGACTCTCCGTCAACACTCTGACTATGTTACTTGTCTCGCTGCAGCAGAAAAAAATgtaatttctttgtcaaaattt--tcatggaat--tatttactgcatagatgaagggttcttgtcagtgtaatgctgttatttaagtttcatgttcaatttaatggtgcatatttgggggcattgtgtcatattttgtcgttatcattttctgatccttttatagtgtcatgcattttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209712994|gb|BW684288.1|BW684288
EST:     TCCGGCAACACTCTGACTATGTTACTTGCCTCGCAGCAGCAGNNNNNNNT                         AACAATATTGTTGCCTCTGGTGGCCTTGGTGGGGAGGTTTTTATATGGG
genomic: TCCGGCAACACTCTGACTATGTTACTTGCCTCGCAGCAGCAGAAAAAAATgtaatgtact ... tgctttttagAACAATATTGTTGCCTCTGGTGGCCTTGGTGGGGAGGTTTTTATATGGG