Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCGGGTGACAGGTGTTAAAAGTAATGGATCTAAAAATTTTATTGTTATTGATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgttacaagtaccctaagtttgttatgacttatcatccaatacatcaatattggacagttttttcttaagagaaatttgtgtctgatgtctcctt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G33830.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G33830.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT5G11880.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
CCGGGTGACAGGTGTTAAAAGTAATGGATCTAAAAATTTTATTGTTATTGATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgttacaagtaccctaagtttgttatgacttatcatcca-atacatcaatattggacagttttttcttaagagaaatttgtgtctgatgtctcctt------
|| || || ||||| || | |||||| ||||||| || || || |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||| || |||||||| |||| || || | | | || | |||| | | | | | | | || || | |||| | || | | |
CCATGTAACTGGTGTGAAGACGAATGGAACTAAAAACTTCATAGTGATTGATGGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTTATGATGCCTATCAGgtaaa----acaaatatact-----tttcacaac--agcatctgcagattctagtccctttgaactatagctaaacatcctcttgtttttgttttttaacgcaaaag

upper sequence: GLYMA03G33830.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT3G14390.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
CCGGGTGACAGGTGTTAAAAGTAATGGATCTAAAAATTTTATTGTTATTGATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgt---tacaagtaccctaa--gtttgttatgacttatcatccaatacatcaata-ttggacagttttttcttaagagaaatttgtgtctgatgtctcctt
|| || || ||||| || | |||||| |||| || || || || |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || | | | || | | | || || || | | | ||| | ||| | | || || | ||| || | |
CCATGTAACTGGTGTGAAGACGAATGGAACTAAGAACTTCATAGTCATTGATGGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTTATGATGCTTATCAGgtaaaaacaaatatacttctcacaacagcatctgcagattttggtcccctttgagctatagctaaacattctcttgttcatgtt--tttaactcaaaag-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31309351|gb|CD394554.1|CD394554
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|7590650|gb|AW706398.1|AW706398
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAGCTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGT
EST: gi|208084558|gb|GD879748.1|GD879748
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|193696493|gb|FK640211.1|FK640211
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|209728052|gb|BW666774.1|BW666774
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|208186882|gb|GD985024.1|GD985024
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|192320762|gb|FK013852.1|FK013852
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTCCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|208074477|gb|GD868226.1|GD868226
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|22933900|gb|BU551039.1|BU551039
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|15286766|gb|BI470657.1|BI470657
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|193340317|gb|FK308232.1|FK308232
EST:     GATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: GATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|31307406|gb|CD392609.1|CD392609
EST:     GTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: GTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|193415754|gb|FK377536.1|FK377536
EST:     CTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCCAG                         CATATAGAGCNGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTT
genomic: CTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTA-CCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTT
EST: gi|7686642|gb|AW757299.1|AW757299
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|208244199|gb|GE039402.1|GE039402
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|11274749|gb|BF325084.1|BF325084
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|298183270|gb|HO028483.1|HO028483
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|208178185|gb|GD978754.1|GD978754
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|254341594|gb|GR852731.1|GR852731
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|8403044|gb|BE058678.1|BE058678
EST:     GAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: GAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|193321071|gb|FK287740.1|FK287740
EST:     CTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: CTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|214009937|gb|DB989661.1|DB989661
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|11413960|gb|BF426035.1|BF426035
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
EST: gi|193719674|gb|FK652256.1|FK652256
EST:     CCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCCGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT
genomic: CCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCATCAAATGCTGAGACAACAACTTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCGGGTGACAGGTGTTAAAAGTAATGGATCTAAAAATTTTATTGTTATTGATGGAAGTATGGCTGAACTGATCCGCCCTAGTCTCTATGATGCTTACCAGgtaaatgttacaagtaccctaagtttgttatgacttatcatccaatacatcaatattggacagttttttcttaagagaaatttgtgtctgatgtctcctt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG