Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTCCCTACTTGTCATAGACAGGGGGAACCAAGCCATCAGGGAGATCCAACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaatcaatccagagtctcctttctctagaaaacctttttgattaataagattgattgtggtcaatttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G03810.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G03810.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv01s0026g00330.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TGTTCCCTACTTGTCATAGACAGGGGGAACCAAGCCATCAGGGAGATCCAACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaatcaatccagagtctcctttctctagaaaacctttttgattaata-agattgattgtggtcaat--ttgcag
|| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||  ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| | || |||  |  | || |||||||| | || ||||||  |     ||   ||     |  | ||||  |||  |  |  | |||  || ||  ||||||
TGCTCCCTACTTGTCATAGACAGAGGAAACCAGGCAATTCGGGAGATCCAACTTCATTTTGATGACTGTGCTTATCAATATGGAAGTGGTTTCCCTCTAGgtaaactga-tccatccagtattgatctttgatacttctcaatcttgacaaatccatgtgaaatgttctccatgattgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193729818|gb|FK664764.1|FK664764
EST:     CTACACTTTGAATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: CTACACTTTGA-TGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|193718192|gb|FK653000.1|FK653000
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTA
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTG-TTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTA
EST: gi|193557011|gb|FK514040.1|FK514040
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|7926607|gb|AW832633.1|AW832633
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|193567881|gb|FK522146.1|FK522146
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|193570934|gb|FK529533.1|FK529533
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|193575917|gb|FK528534.1|FK528534
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGG-CTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|12773827|gb|BG238754.1|BG238754
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCT