Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAGAAGGCAACATCTAGCATATATCCTCTACAGAATGTGTTTATTCGTAAAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctttttatcgcaaatttccttgaccgcagtttcttatgtctaatgaatgttacaatgagttcattatttttctatcttaatgaaaaaggtcaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G44700.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G44700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT4G34670.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
TGAGAAGGCAACATCTAGCATATATCCTCTACAGAATGTGTTTATTCGTAAAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctttttatcgcaaatt--tccttgaccgcagtttcttatgtctaatgaatgttacaatgagttcattatttttctatcttaatgaaaaaggtcaa
|||||||||||||    |||| || ||  | ||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||  |     | |    || ||  || ||||  ||| |    |  ||   | | ||||   |||||  ||    | ||| | | ||  |  |     | | 
TGAGAAGGCAACACAGGGCATCTACCCGTTGCAGAATGTGTTCATCCGTAAAGTGAAGATCCTAAAGGCTCCCAAGTTTGACCTTGGAAAGCTCATGGAGgtagattgaagtcacattaatttcatcattgat-gcactagtcttggttccaaggatgt---aatgaaatctaactctttttgttttggtttatct--ttag

upper sequence: GLYMA01G44700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv05s0020g03900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TGAGAAGGCAACATCTAGCATATATCCTCTACAGAATGTGTTTATTCGTAAAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctttttatcgcaaatttccttgaccgcagtttcttatgtctaatgaatgttacaatgagttcattatttttcta----tcttaatgaaaaaggtcaa
 ||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    ||||| |   || | |  |     |    || |    | |||   |  | |  || |   |||||       |    | | |       | | |||
CGAGAAGGCAACTTCAAGCATCTATCCTTTACAGAATGTGTACATTCGGAAAGTTAAGATCTTGAAAGCTCCTAAGTTTGATCTTGGAAAGCTGATGGAGgtat----ttttttttttaactcttttcatttgtctattttctaatttaacatacataaacattaaaccattaaaaaaaaaaacctgtcacctttttatgccaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254343531|gb|GR857287.1|GR857287
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAG
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAG
EST: gi|15661981|gb|BI699352.1|BI699352
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGAT
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGAT
EST: gi|298191082|gb|HO038561.1|HO038561
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGC
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGC
EST: gi|9259411|gb|BE347558.1|BE347558
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
EST: gi|26060090|gb|CA803004.1|CA803004
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
EST: gi|7691088|gb|AW759222.1|AW759222
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
EST: gi|12773134|gb|BG238061.1|BG238061
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCANAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
EST: gi|192328074|gb|FK020377.1|FK020377
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAA-CTGATGGAG                         GT-CATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAG-TGGATAGACCTGCT
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
EST: gi|193619482|gb|FK570790.1|FK570790
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
EST: gi|7591532|gb|AW707263.1|AW707263
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
EST: gi|58022052|gb|CX708793.1|CX708793
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
EST: gi|21600531|gb|BQ610862.1|BQ610862
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT
EST: gi|31305742|gb|CD390945.1|CD390945
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTCGCTTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGC
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGT-GATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGC
EST: gi|14011865|gb|BG726787.1|BG726787
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAA
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAA
EST: gi|192295006|gb|FG986725.1|FG986725
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAG-AAA-CTGATGGAG                         GTTCATGGTGAT-ACTCAGAA
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAA
EST: gi|192325439|gb|FK017195.1|FK017195
EST:     AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAG-AAAACTGATGGAG                         GTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAG-TGGATAGACCTGCT
genomic: AAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctt ... atccttgtagGTTCATGGTGATTACTCAGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGATAGACCTGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGAGAAGGCAACATCTAGCATATATCCTCTACAGAATGTGTTTATTCGTAAAGTTAAGATTCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTAGGAAAACTGATGGAGgtatgtgctttttatcgcaaatttccttgaccgcagtttcttatgtctaatgaatgttacaatgagttcattatttttctatcttaatgaaaaaggtcaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaaagg