Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   		53  
 5'  3'   		54  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCGCAAGAACTTTTGACTTCAGTTTGACTGGTGGTGCCTCATCACGATCTTGTAAATATGTGCTGAACACTCTCATGCAGgtaaatttcctttttttctgcgggccattttggtatcatctgatgtctttctaattgctaattttttggtctttacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35140.1
intron # 46
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G35140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 46
lower sequence: PP1S66_170V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 44
GTCGCAAGAACTTTTGACTTCAGTTTGACTGGTGGTGCCTCATCACGATCTTGTAAATATGTGCTGAACACTCTCATGCAGgtaaatttcctttttttctgcgggccattttggtatcatctgatgtctttctaattg--ctaattttttggtctttacag---------------------------------------------
||| |||  |||||  |  |  || |   || ||| || || ||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| || |          |    ||  ||  | | |    ||| |||  | ||||      || ||||  |||   | ||                                             
GTCACAACCACTTTCAATCTAGGTCT---TGCTGGAGCTTCTTCAAGATCTTGTAAATATGTCCTGAATACTCTTATGCAGgtatatatgacacaaagttaaatgcagttcagttgt----tgaagtccctttaatgagataaaattttatgtcaccagaggagataaagcctgaacctgcatgattatggcttcgtcttttgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208193796|gb|GD993379.1|GD993379
EST:     GTGGTGCCTCATCACGATCTTGTAAATATGTGCTGAACACTCTCATGCAG                         ACTTTTCAGAATAAAAGATTAGCGCATGCTGTAAAGGAGAGCACACTTGAC
genomic: GTGGTGCCTCATCACGATCTTGTAAATATGTGCTGAACACTCTCATGCAGgtaaatttcc ... gtctttacagACTTTTCAGAATAAAAGATTAGCGCATGCTGTAAAGGAGAGCACACTTGAC