1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GAACTTTCACGCTTTCCAATTTGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatgatttctgggactttgaagtcttgatttgagagatgttgtggctcattgtgtggcaatttgaacgttttatctgggggttcaactttgccctttatttccag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G24830.2 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGACGCCATACTTCCACCAGGCCAG GGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTEST: gi|207747462|gb|GD720223.1|GD720223
genomic: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCT
EST: CCATACTTCCGCCAGGCCAG GGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAAEST: gi|19053677|gb|BM732344.1|BM732344
genomic: CCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAA
EST: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAG GGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAAEST: gi|9985549|gb|BE659657.1|BE659657
genomic: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAA
EST: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAG GGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAAEST: gi|6134907|gb|AW133300.1|AW133300
genomic: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAA
EST: GGGTATGTNTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAG GGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAAEST: gi|22525077|gb|BU083888.1|BU083888
genomic: GGGTATGT-TTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAA
EST: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAG GGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCEST: gi|7478035|gb|AW666112.1|AW666112
genomic: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTC
EST: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAG GGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAAEST: gi|14011336|gb|BG726189.1|BG726189
genomic: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAA
EST: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAG GGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAAEST: gi|31464480|gb|CD406508.1|CD406508
genomic: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAA
EST: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAG GGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAAEST: gi|18735643|gb|BM528886.1|BM528886
genomic: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAA
EST: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAG GGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAAEST: gi|208054335|gb|GD854472.1|GD854472
genomic: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAA
EST: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGG GGTGCTATCATGGCTGGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAEST: gi|31466163|gb|CD408191.1|CD408191
genomic: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCA-Ggttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCT-GTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATA
EST: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAG GGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatg ... ttatttccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAACTTTCACGCTTTCCAATTTGGGTATGTTTGGAGTTGACAGGTTTGATGCCATACTTCCACCAGGCCAGgttagtgatgatttctgggactttgaagtcttgatttgagagatgttgtggctcattgtgtggcaatttgaacgttttatctgggggttcaactttgccctttatttccag
- - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG