Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcaggagaagtgacttgcctttgaagttgtgatattgtggtgttgctttgtatgatggttttggttgtttgctttgagcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G21190.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcaggagaagtgacttgcctttgaagttg-tgatattgtggtgttgctttgtatgatggttt-tggttgtttgctttgagcag
||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    ||| |  ||  ||      | ||   ||| |   |||   |   |  ||| | |  || |||   ||| |||| |||   |||
GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctcta-tttatgtattgatttgctgttctttggttta--cag

upper sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttg-------ttcagga---------gaagtgacttgcctttgaagttgtg-atattgtggtgttgctttgtatgatggttttggttgtttgctttgagcag
||| || ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||       |||   |          | |  | ||   || ||  | ||   |  | |||  |  || | | |    |   |  |||||| ||| |     
GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagccctt-ttgttttcttag-----

upper sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcaggagaagtgacttgcctttgaagttgtgatattgtggtgttgctttgtatgatggttttggttgtttgctttgagcag
||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  || ||    ||     |||  ||    |||    |  | |     | | |  ||| | |||| |  |  | |     |     
GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgca----aacctctttgttttc--tgttacctttctttcagaatacctc-tat-agggttcttatcatgtatgcag-----

upper sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcaggagaagtgacttgcctttgaagtt-gtgatattgtggtgttgctttgtatgatggttttggttgtttgctttgagcag
||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| ||   |||          |      ||  | |   | |        | ||| | |   |  |  |  |  || |  | |||
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttttatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcat--aacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213611139|gb|DB983918.1|DB983918
EST:     ATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTTTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: ATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|298182456|gb|HO031191.1|HO031191
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|20498169|gb|BQ273099.1|BQ273099
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|58018699|gb|CX705441.1|CX705441
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGATGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|151394186|gb|EV264057.1|EV264057
EST:     GCCATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|21678027|gb|BQ630378.1|BQ630378
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|24205643|gb|BU964896.1|BU964896
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192316858|gb|FK006085.1|FK006085
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|17023989|gb|BM095023.1|BM095023
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|254316297|gb|GR827834.1|GR827834
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|22541845|gb|BU091688.1|BU091688
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|298189761|gb|HO038164.1|HO038164
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192325123|gb|FK019069.1|FK019069
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|48575088|gb|CO036228.1|CO036228
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|37996532|gb|CF808121.1|CF808121
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|7041963|gb|AW471857.1|AW471857
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCTAG                         GTCATTGTGAGTGGATAATTGAGAGCCCAGAGAGCCATATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192324902|gb|FK015383.1|FK015383
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209701755|gb|BW655896.1|BW655896
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209718519|gb|BW674683.1|BW674683
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGA
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGA
EST: gi|213603394|gb|DB966569.1|DB966569
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|58024786|gb|CX711527.1|CX711527
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|31307494|gb|CD392697.1|CD392697
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|13481301|gb|BG510644.1|BG510644
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|7925503|gb|AW831529.1|AW831529
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAN                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|26268284|gb|CA819347.1|CA819347
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAATTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|57576092|gb|CX549063.1|CX549063
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGATGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|9901298|gb|BE610266.1|BE610266
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTCGTTATGGAGAGTGGCGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGATAATCGAGAGCGCGGAGAGTCTAATCTATGAAG
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAG
EST: gi|298174155|gb|HO017491.1|HO017491
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAG
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAG
EST: gi|18040358|gb|BM308652.1|BM308652
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|13240447|gb|BG359756.1|BG359756
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCCAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATGGAGAGCCCAGAGAGCCAATTCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192326793|gb|FK017360.1|FK017360
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|8404055|gb|BE059689.1|BE059689
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAAAGCCCAGAGAAGCCAA-TCTATGAAGTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGA-GCCAAATCTATGAAGTT
EST: gi|13790896|gb|BG653487.1|BG653487
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|9986821|gb|BE660929.1|BE660929
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209701714|gb|BW655895.1|BW655895
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209721034|gb|BW666291.1|BW666291
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192316859|gb|FK006086.1|FK006086
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|19934412|gb|BQ079442.1|BQ079442
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|18040338|gb|BM308632.1|BM308632
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|22524443|gb|BU083254.1|BU083254
EST:     GCTATGTTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|18040077|gb|BM308371.1|BM308371
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192303477|gb|FG994483.1|FG994483
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|4292317|gb|AI437745.1|AI437745
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAANGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|6915481|gb|AW397011.1|AW397011
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCGCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTGT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|15663235|gb|BI700606.1|BI700606
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|15664562|gb|BI701933.1|BI701933
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|23727936|gb|BU762008.1|BU762008
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|254316296|gb|GR827833.1|GR827833
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192315548|gb|FK009700.1|FK009700
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|31306391|gb|CD391594.1|CD391594
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|9820315|gb|BE555825.1|BE555825
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192303478|gb|FG994484.1|FG994484
EST:     GTTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATTTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192315549|gb|FK009701.1|FK009701
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209721033|gb|BW666290.1|BW666290
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|13562761|gb|BG550981.1|BG550981
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGNGCTTAGGGATGCGAG                         GTCATTGGGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAAAGCCAAA
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcag ... ctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcaggagaagtgacttgcctttgaagttgtgatattgtggtgttgctttgtatgatggttttggttgtttgctttgagcag

- - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA