Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGAGATTGTTAAACTTGAAAATGTACCATATCTTAACCGGTTGGGCACAATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAGgtacaatttgaactttgaactttctttgaactgcacatcctcatgtttgcgctctctttccttccagttgtaagctacacagtaccttactttcattttgtattgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G18440.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192294286|gb|FG986375.1|FG986375
EST:     AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAG                         AGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
genomic: AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAGgtacaatttg ... tgtattgcagAGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
EST: gi|192326367|gb|FK017669.1|FK017669
EST:     AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAG                         AGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
genomic: AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAGgtacaatttg ... tgtattgcagAGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
EST: gi|19054300|gb|BM732967.1|BM732967
EST:     AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAG                         AGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
genomic: AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAGgtacaatttg ... tgtattgcagAGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
EST: gi|7588075|gb|AW703878.1|AW703878
EST:     AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAG                         AGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
genomic: AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAGgtacaatttg ... tgtattgcagAGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
EST: gi|192305354|gb|FG994036.1|FG994036
EST:     AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAG                         AGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
genomic: AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAGgtacaatttg ... tgtattgcagAGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
EST: gi|23728179|gb|BU762135.1|BU762135
EST:     AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAG                         AGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
genomic: AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAGgtacaatttg ... tgtattgcagAGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
EST: gi|298192581|gb|HO033015.1|HO033015
EST:     AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAG                         AGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAG
genomic: AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAGgtacaatttg ... tgtattgcagAGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAG
EST: gi|151394202|gb|EV264073.1|EV264073
EST:     AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAG                         AGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA
genomic: AATGCTCATTAACAACAACAGGATTACTAGAATTAATCCCAACATCGGAGgtacaatttg ... tgtattgcagAGTTCTTGCCAAATTTACACACTCTAGTTCTCACAAACAACAGAATTGTAA