Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATCCTTGATGGAGTGGATGACCTCATGCAACTTAGTTATTTAAATGAGCCGTCAGTTTTATTCAACCTGCAATATAGATACAATCAAAACATGATTTATgtaagtctttatgtctctttaaaaattttctcatcaatttgtttcttgatcataacttctaatgtatttatgtgtataactatgtacaattcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G00320.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G00320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G139583_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TATCCTTGATGGAGTGGATGACCTCATGCAACTTAGTTATTTAAATGAGCCGTCAGTTTTATTCAACCTGCAATATAGATACAATCAAAACATGATTTATgtaagtctttatgtctctttaaaaattttctcatcaatttgtttcttgatcataacttctaatgtatttatgtgtataactatgtacaattcag
 || |||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||| ||| || |||||  | | ||| ||||| || ||||||   ||  ||||||||||||||||   | ||||         || ||| |  |   | ||    |  || |     | || |  ||| || | |||     ||||        
AATTCTTGATGGAGTGGATGACCTTATGCAGCTAAGTTATCTAAGTGAACCATCAGTGCTGTACAATCTGCAGTACAGATACTCCCAGGACATGATTTATgtaagaagtgatgt--------gaactttttattttttatggaattcaattaatggctttatt--attgatatttatcgtactgtag-------

upper sequence: GLYMA20G00320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G50360.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TATCCTTGATGGAGTGGATGACCTCATGCAACTTAGTTATTTAAATGAGCCGTCAGTTTTATTCAACCTGCAATATAGATACAATCAAAACATGATTTATgtaagtc-tttatgtctctttaa---aaattttctcat-------caatttgtttcttgatc-ataacttctaatgtatttatgtgtataactatgtacaattcag---------------------
||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||  |||| || | ||||||  | ||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| | ||| ||    |  |    |  |||||| |        |||| | ||   ||| | |||  |  |||  | || ||     | ||||| | |  ||| |                     
TATTCTTGATGGAGTAGACGATCTCATGCAACTAAGTTATTTAAATGAGCCAGCAGTGTTGTACAACCTTGAGTATAGGTACAACCAGGACATGATATATgtaagccgtttgtgctaatacagtttattttttctgacatgttgacaatctcttctctgaactatatatagtaaaatgtt-ataccctttactatttgcttttctgaattttcctttatggtgctag

upper sequence: GLYMA20G00320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT3G19960.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TATCCTTGATGGAGTGGATGACCTCATGCAACTTAGTTATTTAAATGAGCCGTCAGTTTTATTCAACCTGCAATATAGATACAATCAAAACATGATTTATgtaagtctttatgtctctttaaaaattttctcatcaatttgtttcttgatcataacttctaatgtatt--tatgtgtataactatgtacaattcag-------------------------------
||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || | ||||||  | ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||   | |  | | |  |||| |     ||  |  |  |  || |  |    ||| | ||  ||| | | |  |    |  | |   |                               
TATTCTTGATGGAGTGGACGATCTTATGCAGCTTAGTTACTTAAATGAGCCATCAGTGTTGTACAACCTCAACTATAGGTACAACCAAGACATGATATATgtaagtcttt---tgttgtgatatttttttttgctcatcaggataatagtctttcccctgaatctgttactatatatgttccagcatctactcttgcttggctaacctttttcctttatggtgctag

upper sequence: GLYMA20G00320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv10s0071g00210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TATCCTTGATGGAGTGGATGACCTCATGCAACTTAGTTATTTAAATGAGCCGTCAGTTTTATTCAACCTGCAATATAGATACAATCAAAACATGATTTATgtaagtctttatgtctctttaaaaattttctcatcaatttgtttcttgatcataac-----ttctaatgtatttat-----gtgtataact---atgtacaattcag
||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || || | ||| || ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||||  |||  | | |  | |||||| ||||  |   |  |      |||||||| |||||     ||||    ||   |||     |  ||
TATACTTGACGGTGTAGATGACCTTATGCAACTTAGTTACTTAAATGAGCCATCGGTGTTGTACAATCTTCAACATAGATACAATCAAGATATGATTTATgtaagtgtttatttttcttctaaacatatttt-ttaatttgcttctgaaatgtgccagtttctctaatgtttttattggtggtgtgcctcttatatgcttgttgtag