Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAGATAGAGCTGCCATGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAGgtaaaatgcaattgttctccttagcgatcctggttttgttttcctagttaggtttataatgaccttgctgtattgcctgttatagcttttaaccttttca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G34360.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G34360.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv07s0141g00220.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ACAGATAGAGCTGCCATGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAGgtaaaatg---caattgttctccttag--cgatcctggttttgttttcctagttaggtttataatgaccttgctgtattgcctgttatagcttttaaccttttca
|| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||||| ||   |||   |||| || |         ||  |||  |||  |  || | |||  ||| | || | ||| || ||  | ||   |   ||  |     
ACGGATAGAGCTGCAATGCTTGATGAAATTGTGGATTATGTGAAATTCCTAAGGCTCCAAGTAAAGgtaaagtgacacaaccattcttctgaagttagaattgaattttatttatttattggtttttaaattatctagttgttttacc-ataatcaatccaaaaata----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254317152|gb|GR826097.1|GR826097
EST:     TGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAG                         GTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCCGGTGCAGTGGCACCACTGGTA
genomic: TGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAGgtaaaatgca ... tgcctttcagGTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCCGGTGCAGTGGCACCACTGGTA
EST: gi|254322969|gb|GR835684.1|GR835684
EST:     TGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAG                         GTTTTGAGCATGAGTAGACTGG-TGGAGCCG-TGCAGTG-CAC-ACTGGTA
genomic: TGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAGgtaaaatgca ... tgcctttcagGTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCCGGTGCAGTGGCACCACTGGTA
EST: gi|19453220|gb|BM954630.1|BM954630
EST:     TGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAG                         GTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCCGGTGCAGTGGCACCACTGGTA
genomic: TGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAGgtaaaatgca ... tgcctttcagGTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCCGGTGCAGTGGCACCACTGGTA
EST: gi|21677257|gb|BQ629608.1|BQ629608
EST:     TGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAG                         GTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCCGGTGCAGTGGCACCACTGGTA
genomic: TGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAGgtaaaatgca ... tgcctttcagGTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCCGGTGCAGTGGCACCACTGGTA
EST: gi|21888332|gb|BQ741545.1|BQ741545
EST:     TGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAG                         GTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCCGGTGCAGTGGCACCACTGGTA
genomic: TGTTAGATGAAATTGTGGATTATGTCAAGTTCTTAAGGCTTCAAGTGAAGgtaaaatgca ... tgcctttcagGTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCCGGTGCAGTGGCACCACTGGTA