Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATCTTGTTCCAAACAAAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTGgttagcactggatttcttgcactgttttgtcaatactctgtaatggtctcactacataatactctgttggttgatctaaaatgatcattctttgtttccctttttcttccttttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G24250.3
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254334914|gb|GR844699.1|GR844699
EST:     AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTG                         ATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
genomic: AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTGgttagcactg ... ttccttttagATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
EST: gi|192294272|gb|FG986361.1|FG986361
EST:     AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTG                         ATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
genomic: AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTGgttagcactg ... ttccttttagATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
EST: gi|213594579|gb|DB957998.1|DB957998
EST:     AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTG                         ATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
genomic: AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTGgttagcactg ... ttccttttagATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
EST: gi|298180491|gb|HO022044.1|HO022044
EST:     AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTACAGAAGTTTTTACAGCTG                         ATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGA
genomic: AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTGgttagcactg ... ttccttttagATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGA
EST: gi|298167590|gb|HO012853.1|HO012853
EST:     AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTG                         ATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
genomic: AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTGgttagcactg ... ttccttttagATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
EST: gi|18040428|gb|BM308722.1|BM308722
EST:     TGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTG                         ATCAAATATGTAAGCGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGCTTCCGCCTGTTG
genomic: TGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTGgttagcactg ... ttccttttagATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
EST: gi|5688182|gb|AI941197.1|AI941197
EST:     AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTG                         ATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
genomic: AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTGgttagcactg ... ttccttttagATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
EST: gi|213611006|gb|DB970933.1|DB970933
EST:     AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTG                         ATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG
genomic: AAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTGgttagcactg ... ttccttttagATCAAATATGTAAGTGGCTCTTATGATTCTGAGGATGGATTTCGCTTGTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTATCTTGTTCCAAACAAAGGTGCTTCTCCCCAACTGTTGGAGGATGTAGAGAAGTTTTTACAGCTGgttagcactggatttcttgcactgttttgtcaatactctgtaatggtctcactacataatactctgttggttgatctaaaatgatcattctttgtttccctttttcttccttttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG