Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGTTGATCGCCCCAATGTGTATATTAAGATTCCTGCTACAGAGGCATGTGTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctgtgccgcatcctttcatatagtctgcaaattaaataaattggtatcatataatattgttatgattagctgcttgataagcaaccatgcagc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G53700.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G53700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g70170.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TGGTTGATCGCCCCAATGTGTATATTAAGATTCCTGCTACAGAGGCATGTGTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctgtgccgcatcctttcatatagtctgcaaattaaataaattggtatcatataatattgt-tatgattagctgctt--gataagcaaccatgcagc----------------------------------------------------------
 ||| ||  | |||||||| || || ||||| |||||||| |  | |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| || || || |||||||       |     ||   || || |       |  | | |   |||||  |  |  ||| | |  ||  |||||   || |  |||||    |||                                                          
-GGTCGACAGGCCCAATGTCTACATAAAGATCCCTGCTACCGCAGAATGTGTTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctgattcctagtatttccattgttttttttccaccttagtcattatcagctg-tgctgtgtttatttgactgctcaagacatacaaccgctgagcttgccataacccttgatgctaagcttgttgataacaaattcattgcttgtcgctgcag

upper sequence: GLYMA18G53700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0150g00190.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TGGTTGATCGCCCCAATGTGTATATTAAGATTCCTGCTACAGAGGCATGTGTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctgtgccgcatcctttcatatagtctgcaaatt---aaataaattggtatcatataatattgttatgattagct--gcttgataagcaaccatgcagc
 |||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||   |||| || |||||||| |||||||||||| |   ||| || ||||| ||||| || |||||| | |||         |   ||   || ||| ||   || || | | |||  |    | |  | |    ||  ||  || ||||   | || |      
-GGTTGATCGCCCTAATGTCTATATAAAGATCCCAGCGACAGCTCCATGCGTCCCTTCAATCAAGGAAGTTATTTCACTTGGCATTAGTGTCAATGTAACTgtaagtttttgctatgcatccttg-attacctacaattttagaagtatactagtaaaactggaaaaaggttaagttgtcttggcatgattgaccactacat---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58017240|gb|CX703982.1|CX703982
EST:     GTGCTTTC-ATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC                         GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: gi|298186515|gb|HO037148.1|HO037148
EST:     GCTAATCGGATAAGTGTGAATGTGAC                         GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
genomic: GCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: gi|151398727|gb|EV268598.1|EV268598
EST:     GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC                         GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: gi|58018609|gb|CX705351.1|CX705351
EST:     GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC                         GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: gi|58017437|gb|CX704179.1|CX704179
EST:     TGCTTTC-ATTAAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC                         GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
genomic: TGCCTTCAATT-AAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: gi|298196531|gb|HO041274.1|HO041274
EST:     GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC                         GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: gi|254347695|gb|GR853944.1|GR853944
EST:     GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC                         GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: gi|298172256|gb|HO021848.1|HO021848
EST:     GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC                         GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: gi|298191275|gb|HO038754.1|HO038754
EST:     GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC                         GCTGATA-T-TCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGTTGATCGCCCCAATGTGTATATTAAGATTCCTGCTACAGAGGCATGTGTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctgtgccgcatcctttcatatagtctgcaaattaaataaattggtatcatataatattgttatgattagctgcttgataagcaaccatgcagc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaattaaa