Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGTTGGGTTCTATTCTTTCAAACCTTCTTCTGGTTCTTGGGACCTCTCTATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggccctaaaaatccattcacattttcatctaatgtgtgcacattttttcattagttctttatgtttttcttaataatggacggaacaatgatgactaatgttaagcattgaatctgcaga

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G43000.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193394235|gb|FK360298.1|FK360298
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|120530398|gb|EH258531.1|EH258531
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|6134179|gb|AW132572.1|AW132572
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|193534017|gb|FK488626.1|FK488626
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|26047871|gb|CA784524.1|CA784524
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|120495967|gb|EH224134.1|EH224134
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCT
EST: gi|193494808|gb|FK460598.1|FK460598
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGG
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGG
EST: gi|193546468|gb|FK501819.1|FK501819
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|208196558|gb|GD989547.1|GD989547
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|208329067|gb|GE131191.1|GE131191
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|207770812|gb|GD743364.1|GD743364
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCA
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCA
EST: gi|20449496|gb|BQ253620.1|BQ253620
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|193581209|gb|FK537830.1|FK537830
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|193405390|gb|FK371367.1|FK371367
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|120495266|gb|EH223433.1|EH223433
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|193339811|gb|FK303198.1|FK303198
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTG
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTG
EST: gi|207839891|gb|GD810084.1|GD810084
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: gi|193483192|gb|FK451035.1|FK451035
EST:     ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGA-CAAAAATATGACAGAA                         GACAAGCAGATGTGAACTCACTTA
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGTTGGGTTCTATTCTTTCAAACCTTCTTCTGGTTCTTGGGACCTCTCTATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggccctaaaaatccattcacattttcatctaatgtgtgcacattttttcattagttctttatgtttttcttaataatggacggaacaatgatgactaatgttaagcattgaatctgcaga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA