Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCAGATCTTCAAAATCCACAAGGAGATCTTGATGGGAAAGCATGTGCAGCTGTTGGACAGAGTAGTCTCATGGCTCTCTATGATATCATGTTTAGTCAGgtgcacactaaattaagttgtgcattcaatatgtccctaatcttgagtttgtatgttttgccataatacattagcaggtcttttattaatctaattgcttcctctatattgatgtggtgatatatcatttgcttggtgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G40770.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G40770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AC203754.4_FGT008 (Zea mays), 5'ss of exon 4
TTCAGATCTTCAAAATCCACAAGGAGATCTTGATGGGAAAGCATGTGCAGCTGTTGGACAGAGTAGTCTCATGGCTCTCTATGATATCATGTTTAGTCAGgtgcacactaaattaagttgtgcattcaatatgtccctaatcttgagtttgtatgttttgccataatacattagcaggtcttttattaatctaattgcttcctctatattgatgtggtgatatatcatttgcttggtgcag
| | ||| | ||||| |||||    || || ||||| || || || || || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||  | |||| ||| |||         |||| |||       ||| ||||   | |  || |  |   |||    |||||    | |     |  |   ||  ||  |                                                
TGCTGATATGCAAAAGCCACAGACGGAGCTGGATGGAAAGGCTTGCGCTGCCGTTGGACAGAGTGGCCTCATGGCTCTCTATGATATGCTATTTACTCAAgtgtgttt---gttaacttgctatccaaatttgtcgtcagttctgcgcct---tgt----ccatatgttaatgttgagcttcccat-gatgcag-----------------------------------------------

upper sequence: GLYMA18G40770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv08s0007g01060.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TTCAGATCTTCAAAATCCACAAGGAGATCTTGATGGGAAAGCATGTGCAGCTGTTGGACAGAGTAGTCTCATGGCTCTCTATGATATCATGTTTAGTCAGgtgcacactaa---attaagttgtgcattc---aatatgtccctaatcttgagtttgtatgttttgccataatacattagcaggtct---tttattaatctaattgcttcctcta---tattgatgt--ggtgatatatcatttgcttggtgcag----------------------------------
    ||||| || || || |||   || ||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||   | || || |||||| | | |||   ||| | |   ||||||   ||||||    |    | ||   | ||| | | ||   | ||| |    |  | |   |  | ||| ||| || |    ||||    |||       | || |   |  | || ||  |                                      
GGATGATCTCCAGAAACCGCAAATTGAGCTTGATTCAAAAGCTTGTGCAGCTGTCGGACAGAGTAGTCTCATGGCTCTGTATGATACTTTATTCAGCCAGgtgaaaaataatctatttactatcgcattctggaatatggaattgcattagaacatttat-tatggcttcagtacttacctatttatgggtagactaagctagttaccatttctaatgcattagccccagctggtggctgttgtggttaatttctttgaggtcctaatgaagcagtcgtctttatgcag