Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATAGCACAAGTCCACCGTGCAACTTTGCTCAATGGACTTGAAGTGGTAGTTAAAGTTCAACATGATGGTATCAAGACAATTATACTGGAGgtttgcttcttttatcctttgggatttatggatatagaggtccatggagcctttcaaaaggtttttgtacctacatatctttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G24420.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G24420.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv04s0008g02740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATAGCACAAGTCCACCGTGCAACTTTGCTCAATGGACTTGAAGTGGTAGTTAAAGTTCAACATGATGGTATCAAGACAATTATACTGGAGgttt-gctt-cttttatcctttgggatttatg-gatatagaggtccatggagcctt-tcaaaaggtttttgtacctacatatctttcag-------------------------------------
||||| ||||| || ||||||||| ||   | |||    || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||| ||||||||| || | |||||    |||  |||   || ||||   ||    ||      |  | | | |||| |||  | | | ||||    |                                      
ATAGCTCAAGTTCATCGTGCAACTCTGAGAAGTGGGGAAGATGTGGTTGTTAAAGTTCAACATGAGGGCATCAAGACAGTCATATTGGAGgttttgcatgcttttggattttaagatgattgtgataggaagtaatatctgttgtcattatatggttgttgggcatcc-tatcaaaaaaaaaattatatggttgttgggcttactattggttgcag