Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACCTTGACACAAGGAAGGCGAGCACGCCTTGCTGCAACCTCTATTGTTAATGGACACCTTGCTAATATAGATGATAGCCTTTCTGTCAGGAATTTACAGgtaagtcagtgcttccatctataatgaattgttttcatgctctctgttatcaattattgtggttcccatgtaagtaatttttattcaattatcaataatg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G15510.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G15510.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv00s0333g00070.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
CACCTTGACACAAGGAAGGCGAGCACGCCTTGCTGCAACCTCTATTGTTAATGGACACCTTGCTAATATAGATGATAGCCTTTCTGTCAGGAATTTACAGgtaagtca-gtgcttcca---tctataatgaattgttttcatgctctctgttatcaattattgtggttcccatgtaagtaatttt-tattcaattatcaataatg
  | ||||  || |||||| |||||||  |||||||||| |||| ||| |||||||| ||| |||  || |||||||||||||| |  |||||||||||||||       | | |  |   |  ||| |  |||| |       |    || ||  ||| |||||||     |||    | |    ||     | ||      | 
AGCTTTGATCCAGGGAAGGAGAGCACGAGTTGCTGCAACATCTACTGTCAATGGACAACTTACTATGATCGATGATAGCCTTTCAGCAAGGAATTTACAGgtacacagtatacattgagggtagatatttgattgatcctgacattatagtaattgattcttgtggt----gtgtggacattgccatagatggtaatgggatgt-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213608242|gb|DB972626.1|DB972626
EST:     ATGGACACCTTGCTAATATAGATGATAGCCTTTCTGTCAGGAATTTACAG                         ATGAATGGCGTTCTTGAAAGAAT-GCTTCCACAGCGCATGAGTTGGCTCAT
genomic: ATGGACACCTTGCTAATATAGATGATAGCCTTTCTGTCAGGAATTTACAGgtaagtcagt ... tattgcttagATGAATGGCGTTCTTGAAAGAATTGCTTCCACAGCGCATGAGTTGGCTCAT
EST: gi|213616699|gb|DB969195.1|DB969195
EST:     ATGGACACCTTGCTAATATAGATGATAGCCTTTCTGTCAGGAATTTACAG                         ATGAATGGCGTTCTTGAAAGAATTGCTTC
genomic: ATGGACACCTTGCTAATATAGATGATAGCCTTTCTGTCAGGAATTTACAGgtaagtcagt ... tattgcttagATGAATGGCGTTCTTGAAAGAATTGCTTC
EST: gi|209709889|gb|BW668293.1|BW668293
EST:     ATGGACACCTTGCTAATATAGATGATAGCCTTTCTGTCAGGAATTTACAG                         ATGAATGGCGTTCTTGAAAGAATTGCTTCCACAGCGCATGAGTTGGCTCAT
genomic: ATGGACACCTTGCTAATATAGATGATAGCCTTTCTGTCAGGAATTTACAGgtaagtcagt ... tattgcttagATGAATGGCGTTCTTGAAAGAATTGCTTCCACAGCGCATGAGTTGGCTCAT