Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATGGTGATGGTGAGCCAACTGATAATGCCGCGAGATTTTATAAATGGTTTACAGAGgtgagtttgagactgttccggtggcattaaggttgagagcttatgtgttgactttgtgtgcttttgtggaggatttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G07050.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G07050.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0052g00880.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATATGGTGATGGTGAGCCAACTGATAATGCCGCGAGATTTTATAAATGGTTTACAGAGgtgagtttga-------gactgt----tccggtggcattaaggttgagagcttatgtgttgactttgtgtgcttttgtggaggatttag
 ||||| |||||||||||||| ||||| || || || |||||||| |||||| ||||||| | | ||        ||||||    | |    |  |   |  | | |  |  ||   |   ||  |||  ||   |   |  | |||
GTATGGAGATGGTGAGCCAACCGATAACGCGGCCAGGTTTTATAAGTGGTTTGCAGAGgtaaatatggtttgtttgactgtgaatttctcatgtttggtgaataaaaaatggtgcaatttgttgatgtttttcactcttgagtgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192316747|gb|FK006450.1|FK006450
EST:     ATGGTGAGCCAACTGATAATGCCGCGAGATTTTATAAATGGTTTACAGAG                         GGGGGTGAGAAAGGAGAAGGGTGGCTTCAGAATCTTCACTATGGTGTGTTT
genomic: ATGGTGAGCCAACTGATAATGCCGCGAGATTTTATAAATGGTTTACAGAGgtgagtttga ... gaggatttagGGGGGTGAGAAAGGAGAAGGGTGGCTTCAGAATCTTCACTATGGTGTGTTT
EST: gi|254346950|gb|GR856672.1|GR856672
EST:     ATGGTGAGCCAACTGATAATGCCGCGAGATTTTATAAATGGTTTACAGAG                         GGGGGTGAGAAAGGAGAAGGGTGGCTTCAGAATCTTCACTATGGTGTGTTT
genomic: ATGGTGAGCCAACTGATAATGCCGCGAGATTTTATAAATGGTTTACAGAGgtgagtttga ... gaggatttagGGGGGTGAGAAAGGAGAAGGGTGGCTTCAGAATCTTCACTATGGTGTGTTT
EST: gi|192316746|gb|FK006449.1|FK006449
EST:     ATGGTGAGCCAACTGATAATGCCGCGAGATTTTATAAATGGTTTACAGAG                         GGGGGTGAGAAAGGAGAAGGGTGGCTTCAGAATCTTCACTATGGTGTGTTT
genomic: ATGGTGAGCCAACTGATAATGCCGCGAGATTTTATAAATGGTTTACAGAGgtgagtttga ... gaggatttagGGGGGTGAGAAAGGAGAAGGGTGGCTTCAGAATCTTCACTATGGTGTGTTT
EST: gi|213615154|gb|DB963366.1|DB963366
EST:     ATGGTGAGCCAACTGATAATGCCGCGAGATTTTATAAATGGTTTACAGAG                         GGGGGTGAGAAAGGAGAAGGGTGGCTTCAGAATCTTCACTATGGTGTGTTT
genomic: ATGGTGAGCCAACTGATAATGCCGCGAGATTTTATAAATGGTTTACAGAGgtgagtttga ... gaggatttagGGGGGTGAGAAAGGAGAAGGGTGGCTTCAGAATCTTCACTATGGTGTGTTT