Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGAGGGAGATCCTGGGTTAGAGGGTGGTAAAAATGTTCCATTGTTTACAGACATTCTAAACATGGTTTGCAGTTGTGTTGACAATTCATCACCTGACAGgtatgcaaaccactacgggtatttaatgcttacgagatatatatttcctgttataactattcatttttaaaaaccaacatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G04890.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G04890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT3G43300.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TGGAGGGAGATCCTGGGTTAGAGGGTGGTAAAAATGTTCCATTGTTTACAGACATTCTAAACATGGTTTGCAGTTGTGTTGACAATTCATCACCTGACAGgtatgcaaaccactacgggtatttaatgcttacgagatatatatttcctgttataactattcatttttaaaaaccaacatgcag
|||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||  | ||   || || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |     || || || |  ||  |||      |  | |||   | |   || | || |   | |||        |||||
TGGAAGGGGATCCGGGGTTGGATGGTGGAAAAAATTCTGCACCTTTCACCGACATTCTGAACATGGTTTGCAGCTGTGTTGATAATTCATCACCAGACAGgtatgtac----cttcgtgtttcaaaatcttc-----ttgagattggttataccaattcttaaagctgaaagttt--tgtgcag

upper sequence: GLYMA17G04890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TGGAGGGAGATCCTGGGTTAGAGGGTGGTAAAAATGTTCCATTGTTTACAGACATTCTAAACATGGTTTGCAGTTGTGTTGACAATTCATCACCTGACAGgtatgcaaaccactacgggtatttaatgcttacgagatatatatttcctgttataactattcatttttaaaaaccaacatgcag
| ||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||  ||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||       ||||   |    ||| ||| |   | |||  |  | ||| ||  || |  | |||| ||||      |||||
TAGAGGGTGATCCTGGTCTAGATGGTGGTACAAATGCACCGCTGTTTACAGACATTCTGAATATGGTTTGCAGTTGTGTTGATAATTCGTCATCTGACAGgtatgttgctttctaca--tcaacaat-ctttcctaagatagctagcttgtaatgcctgta-acttttgaaaaatggtgtgcag