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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTACCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctattttcatcctaaaatcattggcattgcaaatgtttattgttgttgtagagtattcatactgtgtatctgacttctagaataagctgcttgtactgctattagcttatatatgcgagcttttagcccctttcaatcataaaaaaagaagaagcttatatatgctcattttattattttaatgtttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G00470.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254320830|gb|GR827279.1|GR827279
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|209713269|gb|BW684356.1|BW684356
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|213589446|gb|DB973182.1|DB973182
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|213599134|gb|DB962227.1|DB962227
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|192329687|gb|FK023275.1|FK023275
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|208029666|gb|GD832044.1|GD832044
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|298185664|gb|HO030877.1|HO030877
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|5126554|gb|AI748290.1|AI748290
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|12773474|gb|BG238401.1|BG238401
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAAG-GGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAA
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACA-GTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAA
EST: gi|7795385|gb|AW780844.1|AW780844
EST:     CTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|208268375|gb|GE067690.1|GE067690
EST:     TCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: TCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|192301560|gb|FG994772.1|FG994772
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|9899280|gb|BE608248.1|BE608248
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT