Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgttttatggaggcctattattgtattgttttatgtaatggtttttttgtaattgttgtttgacttgagcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G33240.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G33240.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgttttatggaggcctattattgtattgt-tttatgtaatggtttttttgtaattgttgtttgacttgagcag
||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || || ||||||||||| ||  ||   |      | |  | || | ||   ||| | | |   |   | | ||    |  | | |  |  ||||
GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa--acctctttgttttctgttacctttctttcagaatacctctatagggttcttatcatgtatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12496522|gb|BG047106.1|BG047106
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|20812287|gb|BQ296765.1|BQ296765
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTCTTGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|254323366|gb|GR835867.1|GR835867
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|254323365|gb|GR835866.1|GR835866
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|24135528|gb|BU926038.1|BU926038
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|193392562|gb|FK358721.1|FK358721
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|21995034|gb|BQ786562.1|BQ786562
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|31460672|gb|CD402700.1|CD402700
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|31459201|gb|CD401229.1|CD401229
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|208120445|gb|GD915606.1|GD915606
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|31460147|gb|CD402535.1|CD402535
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|6566862|gb|AW234494.1|AW234494
EST:     GCTATGGTGTNTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTNCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|254322051|gb|GR837465.1|GR837465
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|193329772|gb|FK295722.1|FK295722
EST:     ATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: ATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|209709433|gb|BW668361.1|BW668361
EST:     GATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|209709418|gb|BW668360.1|BW668360
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|4313934|gb|AI461053.1|AI461053
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|254322052|gb|GR837466.1|GR837466
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAGgtttgttttatggaggcctattattgtattgttttatgtaatggtttttttgtaattgttgtttgacttgagcag

- - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG