1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtagaagcaactttgaactctttttgtatttctgtatgtatgatttggttgtaattgctgtttgacttgagcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G33230.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTEST: gi|7588311|gb|AW704109.1|AW704109
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGT
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAEST: gi|6724618|gb|AW309073.1|AW309073
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAA
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAAGT-GAGGGCTCAGAGAGCCAAATTCATGAAATTEST: gi|192304937|gb|FG997091.1|FG997091
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAA-GTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATT
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|4306646|gb|AI443934.1|AI443934
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTNTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGGTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|23729062|gb|BU762613.1|BU762613
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|7028301|gb|AW458084.1|AW458084
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|298199176|gb|HO042539.1|HO042539
genomic: GATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGTCAAGGGTCGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCAEST: gi|151396319|gb|EV266196.1|EV266196
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTEST: gi|15200735|gb|BI424503.1|BI424503
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGG-CTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATT
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGACGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTTEST: gi|298165905|gb|HO008876.1|HO008876
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATT-
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|192303929|gb|FG995243.1|FG995243
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|37994367|gb|CF806113.1|CF806113
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|7639366|gb|AW733690.1|AW733690
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|4296474|gb|AI442480.1|AI442480
genomic: GTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|298197972|gb|HO039511.1|HO039511
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTACGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGEST: gi|193518116|gb|FK476989.1|FK476989
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATG
EST: GGTGCCAAGGGTCGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|193708091|gb|FK641991.1|FK641991
genomic: GGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGEST: gi|17021161|gb|BM092195.1|BM092195
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGG
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAAATTEST: gi|9259255|gb|BE347463.1|BE347463
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAA-TT
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAEST: gi|192303930|gb|FG995244.1|FG995244
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAA
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|298167459|gb|HO012722.1|HO012722
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCEST: gi|193449304|gb|FK412041.1|FK412041
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|192295866|gb|FG992647.1|FG992647
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAAGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|298194508|gb|HO042980.1|HO042980
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTEST: gi|192305016|gb|FG996134.1|FG996134
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGT
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|208267163|gb|GE064686.1|GE064686
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGEST: gi|7030190|gb|AW459973.1|AW459973
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGG
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCCAATCCATGAAATTCEST: gi|58025435|gb|CX712176.1|CX712176
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|192326432|gb|FK017704.1|FK017704
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCGAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|208302423|gb|GE097038.1|GE097038
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGEST: gi|298174790|gb|HO017899.1|HO017899
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAG
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCAEST: gi|58015115|gb|CX701857.1|CX701857
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|58022174|gb|CX708915.1|CX708915
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|13788927|gb|BG651518.1|BG651518
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|298197705|gb|HO045184.1|HO045184
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCAEST: gi|192295865|gb|FG992646.1|FG992646
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAAGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|58022463|gb|CX709204.1|CX709204
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCEST: gi|298196144|gb|HO044535.1|HO044535
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCAEST: gi|7146435|gb|AW508357.1|AW508357
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTGATTGTTAGTGGAAAGT
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtagaagcaactttgaactctttttgtatttctgtatgtatgatttggttgtaattgctgtttgacttgagcag
- - - - - - - - - - - - - GATGGA