Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaattattattaatttgatggttatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattcccttggaagtaggaaacaatattgaagtttgagattgtttatgtccctatttgctttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G08090.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G08090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g02510.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaa-ttattatta-atttgatggttatgtgc-aaattttatttattttatggtcatcattcccttggaagtaggaaacaatattgaagtttgagattgtttatgtccctatttgctttgcag
 ||||| || ||  | ||  |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||| | ||  | ||||||||| | || | |||||||||||| | |  |  ||   |   |||   ||| | || |      ||| |  ||  |   |||  |||    ||  | ||| || | ||                                                    
TAAGAACCGCTCACTTGAAGGTCTGCAGGCCAATGTCCAGAGGCTGAAGACCTACAAGGCCAAGCTTGTCATCTTCCCAAGACGTGCCCGCAAGGTCAAGgtgagggaactttacccgccttagccttacacttaaacccactgttctgaagatcccttacatta--acca--actcctttcgcag----------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA16G08090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g37970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagcta-aattcttcaattattattaatttgatggttatgtgcaaattttatttattttatggtcatcatt-cccttggaagtaggaaacaatattgaagtttgagattgtttatgtccctatttgctttgcag
 ||||| || ||  | ||| | || ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| ||| ||||| | ||||||||  | || | |||||||||||||  |||  | ||  |      ||| |  ||  ||     | |  ||  |    | |  |||||  | | |||   ||     ||  |                                                
CAAGAACCGCTCACTTGAGGGACTCCAGGCTAATGTCCAGAGGCTCAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCTCGCAAGGTCAAGgtatggctgcagtttgttgtcctttactccttgtatatagttattgaaggtactatcaggttatgagcttgattgtgctcttttgtcag------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA16G08090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G145280_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaattattattaatttgatggttatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattcccttggaagtaggaaacaatattgaagtttgagattgtttatgtccctatttgctttgcag
 |||||    ||  | ||| | |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| ||||| | ||||||||  | ||||||||||| ||||||  |  |       ||||  ||       |||  |   ||| |  || |||  |  ||   |  |   | || |||   |  |   |     |||| ||                                  
CAAGAACAAATCCCTTGAGGGACTGCAGGCCAATGTCCAGAGGCTTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGGTTAAGgtatgggcag------caatcttttccttagtgaaagcattgttcttatcttagctgcttc--gacctctaatctctt---atcacctactttcattgcag----------------------------------

upper sequence: GLYMA16G08090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G145280_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
------AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaattattattaatttgatggttatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattcccttggaagtaggaaacaatattgaagtttgagattgtttatgtccctatttgctttgcag
       |||||    ||  | ||| | |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| ||||| | ||||||||  | ||||||||||| ||||||  |  |       ||||  ||       |||  |   ||| |  || |||  |  ||   |  |   | || |||   |  |   |     |||| ||                                  
CCGCCGCAAGAACAAATCCCTTGAGGGACTGCAGGCCAATGTCCAGAGGCTTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCACACAAGgttaaggtatgggcag------caatcttttccttagtgaaagcattgttcttatcttagctgcttc--gacctctaatctctt---atcacctactttcattgcag----------------------------------

upper sequence: GLYMA16G08090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G081102_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaattattattaatttgatggttatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattcccttggaagtaggaaacaatattgaagtttgagattgtttatgtccctatttgctttgcag
 |||||    ||  | ||| | |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| ||||| | ||||||||  | || | |||||||||||||    | | |     | | ||  ||   |  |   ||| ||            | | ||   | |||  |  |  |||  |            ||  |  |  | ||   ||||   |||| ||   ||||||
CAAGAACAAATCCCTTGAGGGGCTGCAGGCCAATGTCCAGAGGCTTAAGACATACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCTCGCAAGGTCAAGgta----tgagt-----agtcatcttttcctgaacaattaagta-----------tctcttgaaggcattgtctc--tggctgc-----------tttgatctcaaaatcccttat-cacctacttttgttgcag

upper sequence: GLYMA16G08090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G409407_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaattattattaatttgatggttatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattcccttggaagtaggaaacaatattgaagtttgagattgtttatgtccctatttgctttgcag
 |||||    ||| | ||| | |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| ||||| | ||||||||  | || | ||||| ||| |||    || |             | || |||  ||  |               || |    ||   |    || |||| |   | |      | ||     ||   ||   || || || ||  | |  |||||
CAAGAACAAATCTCTCGAGGGACTGCAGGCCAATGTCCAGAGGCTTAAGACGTACAAGGCCAAGCTGGTTATCTTCCCAAGGCGTGCTCGCAAGGCCAATgtatgtgtaga-------------aatactttcctgaatgc------------cttgtcccttgaagacgcctctcttgaagacatgctg-gttgttttgacttctaatcccttgtggcc-taccttcaatgcag

upper sequence: GLYMA16G08090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT5G23900.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaattattattaatttgatggttatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattcccttggaagtaggaaacaatattgaagtttgagattgtttatgtccctatttgctttgcag
 ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||| || ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||  |  |  | |   | |||||||||    | |  | |   ||  |  |||   |  |   | || | | |   | || ||| |   ||  |  ||               |||||| ||| |  ||    ||||||                     
CAAGAACCGTTCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAAAGGTTAAAGACTTACAAGGCTAAGTTGGTGGTGTTCCCTCGCCGTTCCCGTCAAGTCAAGgtatcaatca--tttgagatcttagttagagtagtatatttgag-acaccctcttgattcttgagttcttgttat-------------aacaattttgtatctt----ttgttttcag-----------------

upper sequence: GLYMA16G08090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT3G48960.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaattattattaatttgatggttatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattcccttggaagtaggaaacaatattgaagtttgagattgtttatgtccctatttgctttgcag
 ||||| || ||||||||| || | ||  |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||  |  | || |  | ||||||||||   ||         | |  ||     ||   |||   |||   |||   ||  ||||   ||  || ||  | |||    || |      | ||   ||||                               
CAAGAACCGGTCTTTGGAGGGTTTTCAAACCAACGTCCAGAGGCTGAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTATCTTCCCGCGCTGTGCCCGAACGGTCAAGgtactccttcgcaagcaactggtttagggttcagtggac-tgtatgaatggaatggattt---ggatatgatctctttgttgttatgc--ttttgtttgtgtttag-----------------------------

upper sequence: GLYMA16G08090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S126_52V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaattattattaatttgatggttatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattcccttggaagtaggaaacaatattgaagtttgagattgtttatgtccctatttgctttgcag
 |||||||| |  |||||||| || || |  || ||  |  | || || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |  || | |||  |||||||    | |  |||     | || |   ||||||             |||||| |  | |     |||| |     || |  | |  ||  |||       || | ||    |||                   
TAAGAATCGGTGCTTGGAGAGCCTTCAAGAGAACGTTAACCGTCTTAACACCTACAGGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCTAGACGCTCAAAGAAGACCAAGgtatgcgtgacatctc----tcttctagttttgat-------------ttttatctgctatgaaa-catcgtcgaagtgaagatcgtgaaacataagttttgttaaaatgaaatatac-----------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209722147|gb|BW659338.1|BW659338
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|57575842|gb|CX548813.1|CX548813
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|298197042|gb|HO041729.1|HO041729
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|193414622|gb|FK381332.1|FK381332
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|58025292|gb|CX712033.1|CX712033
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|33387808|gb|CA851015.1|CA851015
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|298191600|gb|HO039079.1|HO039079
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|17152850|gb|BM142783.1|BM142783
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|42722905|gb|CK768804.1|CK768804
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|21675323|gb|BQ627674.1|BQ627674
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|192333930|gb|FK024743.1|FK024743
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|298174143|gb|HO017479.1|HO017479
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|58018618|gb|CX705360.1|CX705360
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|192323376|gb|FK017077.1|FK017077
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|298182976|gb|HO028239.1|HO028239
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAG
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAG
EST: gi|192332197|gb|FK023846.1|FK023846
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|11411696|gb|BF423766.1|BF423766
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|22931546|gb|BU548685.1|BU548685
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|192311408|gb|FK003501.1|FK003501
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|298176355|gb|HO023056.1|HO023056
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCC
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCC
EST: gi|7028119|gb|AW457902.1|AW457902
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTGATGCCACTCAAGTTCATGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|298180531|gb|HO025618.1|HO025618
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|209722700|gb|BW657954.1|BW657954
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|298177413|gb|HO027194.1|HO027194
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGACAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCA
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCA
EST: gi|192333931|gb|FK024744.1|FK024744
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|192311409|gb|FK003502.1|FK003502
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|19934368|gb|BQ079398.1|BQ079398
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|298172584|gb|HO019624.1|HO019624
EST:     CCTGCAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTC
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTC
EST: gi|192297096|gb|FG988192.1|FG988192
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCTCACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|192306965|gb|FK002659.1|FK002659
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|151409204|gb|EV279012.1|EV279012
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|33388395|gb|CA851602.1|CA851602
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|31471465|gb|CD413493.1|CD413493
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCTCACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|298170959|gb|HO015935.1|HO015935
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAG
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAG
EST: gi|17153985|gb|BM143918.1|BM143918
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|192332787|gb|FK026788.1|FK026788
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|151397933|gb|EV267806.1|EV267806
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|209722148|gb|BW659339.1|BW659339
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|208322601|gb|GE121774.1|GE121774
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|7232255|gb|AW567612.1|AW567612
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|298185148|gb|HO030361.1|HO030361
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGT
EST: gi|58024020|gb|CX710761.1|CX710761
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|58018052|gb|CX704794.1|CX704794
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|192332788|gb|FK026789.1|FK026789
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|16997107|gb|BM086479.1|BM086479
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCTCACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
EST: gi|7924930|gb|AW830956.1|AW830956
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGC
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGC
EST: gi|192299168|gb|FG992899.1|FG992899
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTACCCCTGAAGAGCTGGCTAATGCCACTCAAGTTCAGGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaattattattaatttgatggttatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattcccttggaagtaggaaacaatattgaagtttgagattgtttatgtccctatttgctttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG